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小虫_sang

铁虫 (正式写手)

[求助] 纳米管优化时真空层的问题 已有1人参与

对一根孤立的一维无限长纳米管进行结构优化：
1、为了防止镜像间的影响要在A、B方向上加真空层（即扩大晶胞a、b的值），我这样理解不知道对不对？
2、结构优化时，是先加上真空层然后优化还是优化完之后再加真空层？
望指点。。。
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1楼 2014-04-28 20:32:19
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 22:44:35
1. 你的理解是正确的。真空层加到一定大小，至少大于10A，我们就可以任务我们的真空层是无线的。这就是软件对无限的一种近似处理。
2. 优化必须先加好真空层，不然两个管子之间不就是算之间的相互作用了。你算的是一个孤立的单个管子，必须先加真空层。
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2楼2014-04-28 21:57:26
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-28 21:57:26
1. 你的理解是正确的。真空层加到一定大小，至少大于10A，我们就可以任务我们的真空层是无线的。这就是软件对无限的一种近似处理。
2. 优化必须先加好真空层，不然两个管子之间不就是算之间的相互作用了。你算的是 ...

还有一个问题：
我想在优化结构时同时优化晶包，那么在加了真空层（即扩大了晶胞a、b的值）之后，如果再优化晶包的话那么这时候晶包a、b的值又会变为原来的大小（即真空层没有了），该怎么办呢？，，，感谢回复
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3楼2014-04-29 08:54:07
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 22:44:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小虫_sang at 2014-04-29 08:54:07
还有一个问题：
我想在优化结构时同时优化晶包，那么在加了真空层（即扩大了晶胞a、b的值）之后，如果再优化晶包的话那么这时候晶包a、b的值又会变为原来的大小（即真空层没有了），该怎么办呢？，，，感谢回复...

真空层基本上是不能去优化，设置多少就是多少。若是实在想测试，可以设置不同的真空层得到总能看哪个值最低，哪个真空层就最好。实际上这是理论上的，个人认为这样费力不讨好。计算量大就12A即可，若是不大，就15或者20A，这已经是很好了。

至于C的优化，就是要固定a,b不优化，只对C轴优化。castep是很容易实现，但是vasp的代码需要修改，重新编译才能实现。
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4楼2014-04-29 09:06:57
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-29 09:06:57
真空层基本上是不能去优化，设置多少就是多少。若是实在想测试，可以设置不同的真空层得到总能看哪个值最低，哪个真空层就最好。实际上这是理论上的，个人认为这样费力不讨好。计算量大就12A即可，若是不大，就15或 ...

1、固定a、b不优化，只对C方向优化，是通过modify--constraints--lattice--fix lengths/fix angle实现的吗？
2、按照你说的方法：设置不同真空层看总能，我尝试了一下随着真空层的增大，能量逐渐增大啊，不存在极小值？
3、对于我这种一维周期性结构的管，单胞原子数较多（336个）的结构，我是用Dmol计算好呢还是用castep计算好呢？
先谢谢了，，，
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5楼2014-04-29 10:11:53
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小虫_sang at 2014-04-29 10:11:53
1、固定a、b不优化，只对C方向优化，是通过modify--constraints--lattice--fix lengths/fix angle实现的吗？
2、按照你说的方法：设置不同真空层看总能，我尝试了一下随着真空层的增大，能量逐渐增大啊，不存在极 ...

看你有哪个的版权了。一般一个就是十几万，^_^，你们实验室真土豪。若是都有的话，想精确就用castep，想快就有dmol.


前面的理解都正确，真空层我也说了不需要优化，自己设置一个合理值即可。
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小虫_sang
6楼2014-04-29 10:21:13
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-29 10:21:13
看你有哪个的版权了。一般一个就是十几万，^_^，你们实验室真土豪。若是都有的话，想精确就用castep，想快就有dmol.


前面的理解都正确，真空层我也说了不需要优化，自己设置一个合理值即可。...

非常感谢指点，，，
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7楼2014-04-29 10:24:04
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