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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Semi-empirical » 请问从1万个同分异构体中海选出能量最低的应该怎么操作啊
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)

[交流] 请问从1万个同分异构体中海选出能量最低的应该怎么操作啊

谢谢。
现在只有分子的坐标。
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1楼 2014-04-26 21:44:57
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fooo

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+10 2014-04-27 09:24:11
gmy1990: 金币+2 2014-04-27 17:46:05
可以先用分子力学或半经验算法进行构象搜索，这样可以筛除绝大多数构象，然后找用高等级的算法进行构象优化，应该就差不多了。
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2楼2014-04-27 03:24:31
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jinwei331

至尊木虫 (文坛精英)
？…………………………/
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3楼2014-04-27 06:17:03
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sjmr1221
4楼2014-04-27 08:22:24
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fooo at 2014-04-27 03:24:31
可以先用分子力学或半经验算法进行构象搜索，这样可以筛除绝大多数构象，然后找用高等级的算法进行构象优化，应该就差不多了。

谢谢。
文件数量巨大，不知道具体应该怎么操作？
现在有很多坐标文件，把坐标一个一个输入就太麻烦了。
能自动进行计算吗？
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5楼2014-04-27 09:23:58
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我的小名

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+10 2014-04-27 16:56:30
手工输入显然是不行的。楼主若是熟悉linux的话，可以尝试awk，sed等编辑器，写一个脚本做出各个输入文件。再写个bash的脚本自动搜索输入文件进行计算。
还请楼主详述，或许可以帮到你。
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ElCondorPasa
6楼2014-04-27 16:32:09
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 我的小名 at 2014-04-27 16:32:09
手工输入显然是不行的。楼主若是熟悉linux的话，可以尝试awk，sed等编辑器，写一个脚本做出各个输入文件。再写个bash的脚本自动搜索输入文件进行计算。
还请楼主详述，或许可以帮到你。

非常感谢，以后算的话再向你咨询
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7楼2014-04-27 16:59:39
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chiweijie

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+10, 谢谢 2014-04-27 17:09:37
本帖内容被屏蔽
8楼2014-04-27 17:05:33
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zcy19910529
9楼2014-04-27 17:42:34
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血性红魔
10楼2014-04-27 17:59:38
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