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伊梦青lhq

新虫 (初入文坛)

[求助] RT-PCR

各位,做RT-PCR前反转录的一步中,RNA和与Oligo(dT)及dNTP mixture 65度保温5分钟后迅速在冰上急冷有什么作用呢?
做荧光定量PCR就不需要65度保温,这有什么区别呢?
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
伊梦青lhq: 金币+3, 有帮助 2014-04-26 12:50:13
反转录前必须让RNA变性,让它伸直了才能合成第一链啊

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-04-25 17:20:05
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
伊梦青lhq(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励热心回帖交流 2014-04-25 18:49:52
伊梦青lhq: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-04-26 12:50:53
关于RT之前,RNA跟RT-primer变性之后怎么处理,现在的商品化酶的做法跟之前的传统做法有些不同。
不管是DNA还是RNA,高温处理叫变性,这个没问题
高温之后放冰上,就是你所谓的“急冷”,是在干嘛?
高温处理之后的核酸,所有配对已经打开,如果这个时候缓慢降温,就是annealing过程,退火,目的是有助于能够配对部分的序列发生配对。变性+退火是个不破不立的过程,原本的核酸,可能因为种种原因,该配对的没有配上,或者想加入一个东西参与配对——比如引物。首先通过高温破坏原有结构,再缓慢降温,实现新的配对。
“急冷”,可以想象,那就是个全程破坏的过程。通过高温把原有的配对打开,然后迅速降温,使得核酸没有机会再去形成合理的配对——注意,何谓合理的配对,就是更长,更准确而没有错配的配对。即便是急速降温,核酸也不可能保持在单链状态,而是形成一种不合理的配对状态——混乱的,更短的,更多错配的配对状态。
急冷,现在最常用于变性核酸电泳。这里的情况又有点不同,这里的急冷是为了保护胜利果实。在变性电泳loading buffer里,通过变性剂如尿素,甲酰胺制造的环境中,核酸是不容易配对的,高温通过将已有的配对打开,而急冷是为了防止仍旧可能的复性的发生,因为即便是不容易配对的环境,核酸作为一个高分子,以数量取胜的稳定性还是不容小觑的。
现在的很多商品化酶的说明书,已经不再强调RT之前的变性要冰浴了,很多只是要求从70oC将至室温即可,虽然这会让RNA形成更多的“美好”配对,但是这也有助于引物的配对,如何权衡是一个效率问题。要注意,RT过程中的模板的二级结构的问题,是RT酶要去面对的,这一点人能帮忙的力量不大。
3楼2014-04-25 17:46:46
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伊梦青lhq

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-25 17:46:46
关于RT之前,RNA跟RT-primer变性之后怎么处理,现在的商品化酶的做法跟之前的传统做法有些不同。
不管是DNA还是RNA,高温处理叫变性,这个没问题
高温之后放冰上,就是你所谓的“急冷”,是在干嘛?
高温处理之后 ...

非常感谢,学习了!
为什么荧光定量PCR反转录时就没有保温和急冷,将反转录缓冲液冰上配好后进行反转录(42度*10min ,95*2min),然后荧光定量PCR(95度*10sec;  95度*5sec,60度*20sec, 这个过程就是所谓的2步法吗?)?
4楼2014-04-26 12:35:28
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