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RT-PCR
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各位,做RT-PCR前反转录的一步中,RNA和与Oligo(dT)及dNTP mixture 65度保温5分钟后迅速在冰上急冷有什么作用呢? 做荧光定量PCR就不需要65度保温,这有什么区别呢? |
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分子生物学技术 |
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2楼2014-04-25 17:20:05
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【答案】应助回帖
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伊梦青lhq(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励热心回帖交流 2014-04-25 18:49:52
伊梦青lhq: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-04-26 12:50:53
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关于RT之前,RNA跟RT-primer变性之后怎么处理,现在的商品化酶的做法跟之前的传统做法有些不同。 不管是DNA还是RNA,高温处理叫变性,这个没问题 高温之后放冰上,就是你所谓的“急冷”,是在干嘛? 高温处理之后的核酸,所有配对已经打开,如果这个时候缓慢降温,就是annealing过程,退火,目的是有助于能够配对部分的序列发生配对。变性+退火是个不破不立的过程,原本的核酸,可能因为种种原因,该配对的没有配上,或者想加入一个东西参与配对——比如引物。首先通过高温破坏原有结构,再缓慢降温,实现新的配对。 “急冷”,可以想象,那就是个全程破坏的过程。通过高温把原有的配对打开,然后迅速降温,使得核酸没有机会再去形成合理的配对——注意,何谓合理的配对,就是更长,更准确而没有错配的配对。即便是急速降温,核酸也不可能保持在单链状态,而是形成一种不合理的配对状态——混乱的,更短的,更多错配的配对状态。 急冷,现在最常用于变性核酸电泳。这里的情况又有点不同,这里的急冷是为了保护胜利果实。在变性电泳loading buffer里,通过变性剂如尿素,甲酰胺制造的环境中,核酸是不容易配对的,高温通过将已有的配对打开,而急冷是为了防止仍旧可能的复性的发生,因为即便是不容易配对的环境,核酸作为一个高分子,以数量取胜的稳定性还是不容小觑的。 现在的很多商品化酶的说明书,已经不再强调RT之前的变性要冰浴了,很多只是要求从70oC将至室温即可,虽然这会让RNA形成更多的“美好”配对,但是这也有助于引物的配对,如何权衡是一个效率问题。要注意,RT过程中的模板的二级结构的问题,是RT酶要去面对的,这一点人能帮忙的力量不大。 |
3楼2014-04-25 17:46:46
4楼2014-04-26 12:35:28












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