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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求助土壤总DNA提取和16S rDNA扩增
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xiangchou812

木虫 (小有名气)

[求助] 求助土壤总DNA提取和16S rDNA扩增 已有5人参与

最近在做土壤微生物多样性研究，结果在总DNA提取和pcr扩增上遇到难题。先是买国内生物公司的土壤DNA提取试剂盒，使用固氮菌通用引物PolF和PolR为引物，TAKARA的rTaq酶扩增，结果为阴性，怀疑国内试剂盒不行，遂换用进口MoBio公司强力土壤DNA提取试剂盒，琼脂糖检测条带挺亮，0D260/280也正常，260/230只有1.2左右，但PCR结果还是阴性，后又合成细菌通用引物27F/2492R，直接以DH5a菌液为模板，可以扩出预期大小条带，但以提取到的土壤DNA为模板，又是阴性。有文献说Mg2+浓度被土壤腐殖质等螯合会抑制PCR，故在反应体系中加入土壤DNA和DH5a菌液混合物为模板，却可扩到明亮做条带。怀疑土壤保存方法有问题，又从院子草地里取新鲜土样，提DNA，PCR结果仍是阴性。来回折腾快一个月了，总是原地踏步，实是无语，特求教大神们，问题会在哪里？感激涕零！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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1楼 2014-04-23 22:38:03
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lx李欣

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiangchou812 at 2014-04-24 20:46:21
因为是半道出家来做土壤微生物的，我用的土样是条播的黑麦草根际土，提出来后DNA浓度只有30ng/uL左右，这样还能再稀释吗？您做时模板量用多少呢？
...

我觉得这个浓度应该可以了，我之前P的总DNA就十几二十几ng/uL这样！
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13楼2014-05-04 16:40:16
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lx李欣

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励新虫应助！ 2014-04-24 08:56:55
xiangchou812: 金币+1, ★有帮助 2014-04-26 11:20:41
总DNA提取出来后，跑电泳有的话，你可以考虑调一下引物的浓度，之前我就是引物浓度太低没有扩出来！
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2楼2014-04-24 08:31:44
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dllchina: 金币+3, good~ 2014-04-24 21:35:47
xiangchou812: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-04-26 11:20:55
首先纠正一下，细菌通用引物是27F/1492R而非2492，我不知道你怎么扩的，DNA条带检测都有，怎么就扩不出来？一般简单的方法是把DNA样品稀释基本都可以解决，或者你直接把DNA纯化之后再来做，不知道你的是什么土样，如果腐殖质含量太高，土样应该先用磷酸缓冲液洗一下再提DNA，就说这么多吧，楼主自己看着办，祝好
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但行好事，莫问前程
3楼2014-04-24 09:29:21
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wubingqi

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xiangchou812: 金币+1, ★有帮助 2014-04-26 11:21:10
应该还是腐殖酸的问题。将dna梯度稀释，扩增pcr。
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4楼2014-04-24 10:04:27
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