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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 哪个引物更合适？急急
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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GinTonic

金虫 (小有名气)

[交流] 哪个引物更合适？急急

我准备克隆一段大约2.5kb左右的基因片段，下面是两对引物：
第一对是我自己设计的，第二对是老板给改的
请各位虫友给点意见吧
总感觉老板的Tm值相差太多，而且其3‘端还是密码子末端

Primer1   CCGGAATTC agta aagaaagt caaatggtg g
      EcoRI   Tm=60.9     GC%= 36.3%
Primer2   CCGCTCGAGTCAATGGG TGCACACGGC
    XhoI     Tm=65.8    GC%=64.7%


Primer1   CCGGAATTC agt aaa gaa agt caa atg gtg
       EcoRI   Tm=56.4     GC%= 33.3%

Primer2   CCGCTCGAGTCAATGGG TGCACACGGCTTTTG
     XhoI     Tm=75.2   GC%=54.5%
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1楼 2008-03-06 20:28:52
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lauren180

木虫 (著名写手)

小木虫挖井人
第二对不如第一对，第二对3端的多出的TTTTG所含的T占的比例较大，对于特异性结合会起到作用，但意义不大，主要是退火温度确实相差较大，PCR有一定难度。当然引物设计原则上很严格，但实际设计时很粗旷的。选择哪个看着办了！！
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细推物理须行乐。
2楼2008-03-07 07:56:36
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