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GinTonic

金虫 (小有名气)

[交流] 哪个引物更合适?急急

我准备克隆一段大约2.5kb左右的基因片段,下面是两对引物:
第一对是我自己设计的,第二对是老板给改的
请各位虫友给点意见吧
总感觉老板的Tm值相差太多,而且其3‘端还是密码子末端

Primer1   CCGGAATTC agta aagaaagt caaatggtg g
      EcoRI   Tm=60.9     GC%= 36.3%
Primer2   CCGCTCGAGTCAATGGG TGCACACGGC
    XhoI     Tm=65.8    GC%=64.7%


Primer1   CCGGAATTC agt aaa gaa agt caa atg gtg
       EcoRI   Tm=56.4     GC%= 33.3%

Primer2   CCGCTCGAGTCAATGGG TGCACACGGCTTTTG
     XhoI     Tm=75.2   GC%=54.5%
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lauren180

木虫 (著名写手)

小木虫挖井人

第二对不如第一对,第二对3端的多出的TTTTG所含的T占的比例较大,对于特异性结合会起到作用,但意义不大,主要是退火温度确实相差较大,PCR有一定难度。当然引物设计原则上很严格,但实际设计时很粗旷的。选择哪个看着办了!!
细推物理须行乐。
2楼2008-03-07 07:56:36
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