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lifeisall

铜虫 (小有名气)

[求助] VMD里看mdcrd 出问题了 已有1人参与

模拟过程是这样: 蛋白质分子里 固定所有原子 只有一个H原子在动 我想在VMD里看过程的动画效果,也就是H转移的过程,我先导入prmtop文件,文件类型选择AMBER 7 PARM ,再导入mdcrd文件,文件类型选择AMBER Coordinates, 然后看movie效果,有的时候是正常的,有的时候原子间会乱成键,但是我每次的操作是一样的,请问有人碰到过这个问题吗?是我的操作,或者文件不对,还是VMD的Bug?
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yafei730

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-22 20:37:47
我以前也出现过这样的问题,如果体系设置周期性水盒子的话,打开轨迹文件的时候要选择Amber Coordinates with Periodic Box,选择Amber Coordinates就会出现很乱的原子键连,不知道你的是不是这情况?
初入行业,多多指教
2楼2014-04-22 15:17:34
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-22 20:37:54
是的二楼正解,vmd的tutorials里面都有关于文件类型的选择
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
3楼2014-04-22 19:36:43
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