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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD里看mdcrd 出问题了
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lifeisall

铜虫 (小有名气)

[求助] VMD里看mdcrd 出问题了 已有1人参与

模拟过程是这样： 蛋白质分子里 固定所有原子 只有一个H原子在动 我想在VMD里看过程的动画效果，也就是H转移的过程，我先导入prmtop文件，文件类型选择AMBER 7 PARM ，再导入mdcrd文件，文件类型选择AMBER Coordinates, 然后看movie效果，有的时候是正常的，有的时候原子间会乱成键，但是我每次的操作是一样的，请问有人碰到过这个问题吗？是我的操作，或者文件不对，还是VMD的Bug？
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1楼 2014-04-22 10:32:05
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yafei730

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-22 20:37:47
我以前也出现过这样的问题，如果体系设置周期性水盒子的话，打开轨迹文件的时候要选择Amber Coordinates with Periodic Box,选择Amber Coordinates就会出现很乱的原子键连，不知道你的是不是这情况？
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初入行业，多多指教
2楼2014-04-22 15:17:34
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-22 20:37:54
是的二楼正解，vmd的tutorials里面都有关于文件类型的选择
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
3楼2014-04-22 19:36:43
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