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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 新手求助一个quantum-espresso的使用问题！
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wdaobin

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 新手求助一个quantum-espresso的使用问题！ 已有1人参与

我编写了一个Grephene结构优化的代码，quantum-espresso运行的时候没有提示错误，程序一直在运行但也没有任何输出，代码如下所示：
&CONTROL
calculation =’relax’,
restart_mode=’from_scratch’,
pseudo_dir = "/usr/share/espresso/pseudo",
outdir = "/home/wangdb/Workspaces/QE/graphene",
/
&SYSTEM
ibrav = 4,
celldm(1) = 4.64117D0,
celldm(3) = 12.2149837D0,
nat = 2,
ntyp = 1,
ecutwfc = 60,
occupations = "smearing",
smearing = ’fermi-dirac’,
degauss = 0.02,
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.D-8,
mixing_beta = 0.3D0,
/
&IONS
ion_dynamics = "bfgs",
pot_extrapolation = "atomic",
/
ATOMIC_SPECIES
C 12.0107 C.pbe-van_bm.UPF
ATOMIC_POSITIONS
C 0.0000000 0.0000000 0.000000
C 0.0000000 0.67735027 0.000000
K_POINTS automatic
30 30 1 1 1 1

后来又试着运行程序自带的例子，结果输出如下错误：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.You may or may not see output from other processes, depending onexactly when Open MPI kills them.

刚开始用QE，不知道如何处理，请大家帮忙，谢谢！
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1楼 2014-04-21 22:10:55
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wdaobin: 金币+3, ★有帮助, 3Q 2014-05-05 11:50:42
wdaobin: 金币+2, ★有帮助, 3Q 2014-05-05 11:51:27
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
从这里来看是编译程序上的问题，mpi出现了问题，你可以先测试一下，用自带的例子。
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2楼2014-04-22 00:25:29
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wdaobin

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-22 00:25:29
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
从这里来看是编译程序上的问题，mpi出现了问题，你可以 ...

我是在Debian上用sudo直接安装的，后来装了个openmpi-bin，然后运行quantum-espresso自带的例子就出现如下错误：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.You may or may not see output from other processes, depending onexactly when Open MPI kills them.
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3楼2014-04-22 22:23:04
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wdaobin at 2014-04-22 22:23:04
我是在Debian上用sudo直接安装的，后来装了个openmpi-bin，然后运行quantum-espresso自带的例子就出现如下错误：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 0.NOTE: invok ...

Debian? 那不如ubuntu了。也是debian的包。
这个肯定是安装的错误，这里无法给出确切的回答。情况复杂，需要你自己自己去看看安装说明，尤其是你的openmpi

你要程序并行，你必须先安装openmpi，然后用openmpi去编译pwscf.但是你先装了，然后mpi ,这肯定不行。从你信息中只能看出这点。
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4楼2014-04-22 22:53:08
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wdaobin

捐助贵宾 (正式写手)
刚才把quantum-espresso和openmpi-bin全部卸载掉，然后先安装openmpi-bin，再安装quantum-espresso，仍然提示相同错误！哭了....
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5楼2014-04-23 21:16:45
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
建议：

1.安装intel编译器；
2.基于Intel编译器编译openmpi或mpich2；
3.基于第二步编译的mpi编译eq；

最好不要用GCC，优化能力不如Intel，更要命的是即使成功编译，运行时也会遇到令人抓狂的段错误。
最好不要用软件源里的qe和mpi，这两者可能对不上，比如qe基于mpich2，而mpi却是openmpi。
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6楼2014-04-24 08:28:31
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wdaobin

捐助贵宾 (正式写手)
刚才试了Ubuntu，它自动安装的quantum-espresso也没法用，提示错误和Debian下相同。看来想用QE，非得自己编译！
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7楼2014-04-27 21:57:36
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wdaobin

捐助贵宾 (正式写手)
还得麻烦大家一下，我按照mywai520的指点在Ubuntu上安装了QE，测试和运行例子都没有报错，于是我就把其中一个例子拷贝到自己目录中运行了一下，结果得到如下错误：
task #         0
     from  read_namelists  : error #      5010
      reading namelist system
我的输入文件实际上就是nh4+.in那个例子，下面是具体内容：
&CONTROL
  calculation  = 'relax'
  prefix       = "NH",
  pseudo_dir   = "/home/XXX/Program_Files/espresso-5.0.3/pseudo",
  outdir       = "/home/XXX/Workspaces/QE",
/

&SYSTEM
  ibrav     = 1,
  celldm(1) = 24.0
  nat       = 5,
  ntyp      = 2,
  ecutwfc   = 30.D0,
  ecutrho   = 120.D0,
  do_ee     = .true.
  nelec     = 8.0
  nbnd      = 8
/

&ELECTRONS
  conv_thr    = 1.D-7,
  mixing_beta = 0.7D0,
/

&IONS
/
&EE
  which_compensation='martyna-tuckerman'
/

ATOMIC_SPECIES
N  1.00  N.pbe-paw_kj.UPF
H  1.00  H.pbe-paw_kj.UPF
ATOMIC_POSITIONS {bohr}
N  0.0  0.0  0.0  0 0 0
H  1.0  1.0  1.0
H -1.0 -1.0  1.0
H -1.0  1.0 -1.0
H  1.0 -1.0 -1.0
K_POINTS Gamma
使用的命令是：mpirun -np 4 /home/XXX/Program_Files/espresso-5.0.3/bin/pw.x < nh4+.in > nh4+.out
请大家帮我看看应该如何修改？谢谢！
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8楼2014-05-06 21:30:04
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wdaobin

捐助贵宾 (正式写手)
应该是prefix       = "NH4+",
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9楼2014-05-06 21:31:48
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
QE-5.0.2对应帮助文档中SYSTEM下没有do_ee和nelec这两个参数。

另外nelec这个参数看上去应该是整数。

另外“ATOMIC_SPECIES
N  1.00  N.pbe-paw_kj.UPF”
原子符号后面那个数字为相对原子质量，N接近于14.
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10楼2014-05-07 22:24:08
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