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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 分析z方向的电荷转移的工具
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问天麦饼

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 分析z方向的电荷转移的工具 已有1人参与

正在用vasp做表面体系，想做出差分电荷密度数值随z变化的关系图，以反映表面加上O缺陷后电荷转移的情况，如图1。现在搜到一下几种软件：
1.VASPview。我不太会用，只能看到它会做截面。到底能不能做电荷密度在某一个方向上的分布呢？
2.VESTA 和上一个软件一样，我在Utilities- 2D data display中只能看到截面，如图2，但是如何做图1那样的图呢？
3.是否有其它软件？

分析z方向的电荷转移的工具
1.png


分析z方向的电荷转移的工具-1
2.png
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1楼 2014-04-20 16:11:05
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+10, 谢谢提供脚本。。 2014-04-21 23:53:29
问天麦饼: 金币+10 2014-04-23 10:05:33
franch: 回帖置顶 2014-05-05 22:58:19
这个图需要自己写脚本解决，我这里写了一个python,借你用用。
#!/usr/bin/env python


from chargedensity import *
import numpy as np

a = ChargeDensity("CHG",format_="chgcar"
den_z = a.integrate_z_density()
z_pos = np.linspace(0,a.unitcell.cell_vec[2,2],len(den_z))
print len(den_z)
for i in range(len(den_z)):
    print z_pos,den_z
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2楼2014-04-20 18:14:07
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普通回帖

问天麦饼

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-20 18:14:07
这个图需要自己写脚本解决，我这里写了一个python,借你用用。
#!/usr/bin/env python


from chargedensity import *
import numpy as np

a = ChargeDensity("CHG",format_="chgcar"
...

python神马的不懂……能写成个bash吗？
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3楼2014-04-20 21:25:56
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 问天麦饼 at 2014-04-20 21:25:56
python神马的不懂……能写成个bash吗？...

那就复杂了，bash没有库函数可以调用，这里调用了numpy
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4楼2014-04-20 22:54:21
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

不懂可以去学习一下，学过编程的，值需要看一下基本说明就能懂。
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5楼2014-04-20 22:54:59
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问天麦饼

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-20 22:54:59
不懂可以去学习一下，学过编程的，值需要看一下基本说明就能懂。

因为要在linux下使用，所以要写成bash
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6楼2014-04-21 15:06:41
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。 2014-04-21 23:54:12
引用回帖:
6楼: Originally posted by 问天麦饼 at 2014-04-21 15:06:41
因为要在linux下使用，所以要写成bash...

python脚本就是linux下的，计算很少用windows。
windows下用python的也少。
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7楼2014-04-21 16:14:36
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问天麦饼

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-21 16:14:36
python脚本就是linux下的，计算很少用windows。
windows下用python的也少。...

CHGCAR后面那5列数据分别是什么含义？我可不可以直接用origin相减来知道差分密度。但是具体要用哪一列的差，哪一列是z的数据呢？
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8楼2014-04-21 16:38:39
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 问天麦饼 at 2014-04-21 16:38:39
CHGCAR后面那5列数据分别是什么含义？我可不可以直接用origin相减来知道差分密度。但是具体要用哪一列的差，哪一列是z的数据呢？...

这个我没有去想，你不想用就自己写脚本吧。到此为止。你可以问问你的师兄弟，不能当面讲很多都是说不清楚的。
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9楼2014-04-21 16:44:44
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问天麦饼

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引用回帖:
5楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-20 22:54:59
不懂可以去学习一下，学过编程的，值需要看一下基本说明就能懂。

我现在用matlab写出脚本了，将数据在同一个z点处的x,y方向上的求和，这样就得到了仅沿z方向的电荷密度。接下来怎么作图呢？CHGCAR是在FFT-grid上的，怎么对应到实空间呢？
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10楼2014-04-25 21:47:56
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