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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】autodock结果用pymol打开氨基酸结构错乱影响作图
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xiaofeng514

银虫 (小有名气)

[求助] 【求助】autodock结果用pymol打开氨基酸结构错乱影响作图 已有1人参与

求助，autodock的结果输出为pdb格式，用pymol打开发现同一个蛋白里的氨基酸被分为好几部分，结果想显示为ribbon结构时，只出现一个一个小线段，求解释，求帮忙！！结果见图：

【求助】autodock结果用pymol打开氨基酸结构错乱影响作图
pymol.png
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1楼 2014-04-19 17:46:15
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-22 20:02:44
对接的结果就是让大小分子有一个特定的三维空间及构象，可以选用原先的PDB文件与对接后的dlg文件，就可以分析结果了
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2楼2014-04-19 18:15:30
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xiaofeng514

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-04-19 18:15:30
对接的结果就是让大小分子有一个特定的三维空间及构象，可以选用原先的PDB文件与对接后的dlg文件，就可以分析结果了

谢啦，我主要还是为了作图，而不是分析。最后发现用studio重新保存为pdb文件则可得到正确的氨基酸顺序，作图也正常。
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3楼2014-04-19 21:53:08
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jasperwang

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2015-04-20 20:27:46
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xiaofeng514

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jasperwang at 2015-04-20 20:27:46
你好，我也有这个问题。请问你是怎么解决显示出蛋白质完整结构的cartoon或ribbon的呢？谢谢

用studio重新保存为pdb文件,然后用pymol打开就正常了。
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5楼2015-04-21 09:52:39
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