应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】autodock结果用pymol打开氨基酸结构错乱影响作图
51/1返回列表
查看: 1333  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xiaofeng514

银虫 (小有名气)

[求助] 【求助】autodock结果用pymol打开氨基酸结构错乱影响作图 已有1人参与

求助，autodock的结果输出为pdb格式，用pymol打开发现同一个蛋白里的氨基酸被分为好几部分，结果想显示为ribbon结构时，只出现一个一个小线段，求解释，求帮忙！！结果见图：

【求助】autodock结果用pymol打开氨基酸结构错乱影响作图
pymol.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-04-19 17:46:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-22 20:02:44
对接的结果就是让大小分子有一个特定的三维空间及构象，可以选用原先的PDB文件与对接后的dlg文件，就可以分析结果了
赞一下 回复此楼
2楼2014-04-19 18:15:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaofeng514

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-04-19 18:15:30
对接的结果就是让大小分子有一个特定的三维空间及构象，可以选用原先的PDB文件与对接后的dlg文件，就可以分析结果了

谢啦，我主要还是为了作图，而不是分析。最后发现用studio重新保存为pdb文件则可得到正确的氨基酸顺序，作图也正常。
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-19 21:53:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jasperwang

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2015-04-20 20:27:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaofeng514

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jasperwang at 2015-04-20 20:27:46
你好，我也有这个问题。请问你是怎么解决显示出蛋白质完整结构的cartoon或ribbon的呢？谢谢

用studio重新保存为pdb文件,然后用pymol打开就正常了。
赞一下 回复此楼
5楼2015-04-21 09:52:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaofeng514 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭