24小时热门版块排行榜    

查看: 1304  |  回复: 4

xiaofeng514

银虫 (小有名气)

[求助] 【求助】autodock结果用pymol打开氨基酸结构错乱影响作图 已有1人参与

求助,autodock的结果输出为pdb格式,用pymol打开发现同一个蛋白里的氨基酸被分为好几部分,结果想显示为ribbon结构时,只出现一个一个小线段,求解释,求帮忙!!结果见图:

【求助】autodock结果用pymol打开氨基酸结构错乱影响作图
pymol.png
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-22 20:02:44
对接的结果就是让大小分子有一个特定的三维空间及构象,可以选用原先的PDB文件与对接后的dlg文件,就可以分析结果了
2楼2014-04-19 18:15:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaofeng514

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-04-19 18:15:30
对接的结果就是让大小分子有一个特定的三维空间及构象,可以选用原先的PDB文件与对接后的dlg文件,就可以分析结果了

谢啦,我主要还是为了作图,而不是分析。最后发现用studio重新保存为pdb文件则可得到正确的氨基酸顺序,作图也正常。
3楼2014-04-19 21:53:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jasperwang

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

4楼2015-04-20 20:27:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaofeng514

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jasperwang at 2015-04-20 20:27:46
你好,我也有这个问题。请问你是怎么解决显示出蛋白质完整结构的cartoon或ribbon的呢?谢谢

用studio重新保存为pdb文件,然后用pymol打开就正常了。
5楼2015-04-21 09:52:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaofeng514 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 23:40 by winsaint
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:33 by 4qO8zhfjr2AX
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +5 德尚中行 2026-08-27 6/300 2026-08-29 18:10 by manplx
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 17:31 by 4FFAWE8HcgUD
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 17:30 by 4FFAWE8HcgUD
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 17:22 by 4FFAWE8HcgUD
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:13 by jCd0dEvKHShX
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 14:03 by jCd0dEvKHShX
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 13:51 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 11:18 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
请填处理意见