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yc521mm

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 如何确定是什么菌种和营养液? 已有2人参与

我是从事化学的,在生物方面一窍不通,领导给了我一瓶菌种和一瓶它的营养液,让我分析分析是什么,有机物还是无机物,我是一点头绪都没有,只知道可能是用来脱硫的菌,哪位大神帮帮我啊,怎么才能确定,或者给我个思路,需要做什么测试、分析、表征???急!急!急!
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科研的道路很长很长......
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yc521mm: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-04-16 08:16:53
laozuzunzhe: 金币+5, good! 2014-04-16 09:44:43
使用生物的方法可以鉴定是什么菌;但营养液是什么,估计就是你们化学的事了吧。
大概流程你可以这么做:
1,挑一点菌用显微镜观察一下,看看是细菌还是放线菌还是酵母或霉菌什么的,确定一下菌的大类。
2,用每类菌对应的基因组提取方法提取你这个菌的基因组,然后PCR扩增16s(原核)或ITS(真核),将扩增的序列连接T载体,转化感受态细胞,然后挑转化子测序。
3,将测得的序列进行blast,鉴定到属应该没什么问题。
2楼2014-04-15 22:12:58
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yc521mm

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 肥猫p at 2014-04-15 22:12:58
使用生物的方法可以鉴定是什么菌;但营养液是什么,估计就是你们化学的事了吧。
大概流程你可以这么做:
1,挑一点菌用显微镜观察一下,看看是细菌还是放线菌还是酵母或霉菌什么的,确定一下菌的大类。
2,用每类 ...

谢谢你,不过真是一点都看不懂啊,呵呵,你知道有没有鉴定菌种的公司或学校什么的,是不是我可以花钱去鉴定呢?对了,菌种里有类似淀粉的东西,你知道是什么吗?还有,营养液通常是无机物还是有机物呢?营养液的瓶子上写着MBR-A,这是什么线索?问题太多了,谢谢你!
科研的道路很长很长......
3楼2014-04-16 08:16:43
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肥猫p

木虫 (正式写手)

MBR-A,,,,我实在不知道是什么。要不你加我qq吧。私下聊。
4楼2014-04-16 11:44:27
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elvissong

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 肥猫p at 2014-04-15 22:12:58
使用生物的方法可以鉴定是什么菌;但营养液是什么,估计就是你们化学的事了吧。
大概流程你可以这么做:
1,挑一点菌用显微镜观察一下,看看是细菌还是放线菌还是酵母或霉菌什么的,确定一下菌的大类。
2,用每类 ...

菜鸟问一个问题哈。。。为甚么不能直接对PCR产物测序呢。。。。我们这不能做细胞培养的相关操作。。。咋办
5楼2014-04-16 16:45:43
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炼狱之火

至尊木虫 (知名作家)

逆水行舟,不进则退

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
菌种的鉴别:
第一步,分离纯化,观察纯种菌种的菌落形态,包括菌落大小,粘稠程度,颜色,湿度,边缘等等。
第二步。菌株生理生化特性的鉴定,如发酵试验,耐盐,最适PH,温度,甲基红,吲哚,柠檬酸等试验
第三步,16或18sDNA的序列鉴定
第四步:根据上述结果,鉴定目的菌株
安之若素,甘之如饴
6楼2014-04-16 17:23:42
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by elvissong at 2014-04-16 16:45:43
菜鸟问一个问题哈。。。为甚么不能直接对PCR产物测序呢。。。。我们这不能做细胞培养的相关操作。。。咋办...

第一:扩增16S用的是通用引物,所以与模板不是100%配对的,如果拿pcr产物测序得用16s通用引物,拿去测序的话失败率很高,这个我确实试过。
第二:测序引物之后的20·30bp测序结果是不准确的。因此,将目标序列克隆到T载体上,使用T载体序列上的引物进行测序,就可以避免掉这个问题。
第三:即使是纯菌,我个人习惯也是多挑几个转化子测序(3~5个),感觉这样确认度高一些吧。
嗯?你是楼主么?我给你留QQ了啊
7楼2014-04-16 17:32:59
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gemgem

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by elvissong at 2014-04-16 16:45:43
菜鸟问一个问题哈。。。为甚么不能直接对PCR产物测序呢。。。。我们这不能做细胞培养的相关操作。。。咋办...

我们都使用胶回收产物测序,结果还可以。PCR产物的那些酶,引物等体系会影响测序结果。
8楼2014-04-18 21:45:20
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