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yc521mm

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 如何确定是什么菌种和营养液？已有2人参与

我是从事化学的，在生物方面一窍不通，领导给了我一瓶菌种和一瓶它的营养液，让我分析分析是什么，有机物还是无机物，我是一点头绪都没有，只知道可能是用来脱硫的菌，哪位大神帮帮我啊，怎么才能确定，或者给我个思路，需要做什么测试、分析、表征？？？急！急！急！
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科研的道路很长很长......
1楼2014-04-15 15:47:41
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yc521mm: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-04-16 08:16:53
laozuzunzhe: 金币+5, good！ 2014-04-16 09:44:43
使用生物的方法可以鉴定是什么菌；但营养液是什么，估计就是你们化学的事了吧。
大概流程你可以这么做：
1，挑一点菌用显微镜观察一下，看看是细菌还是放线菌还是酵母或霉菌什么的，确定一下菌的大类。
2，用每类菌对应的基因组提取方法提取你这个菌的基因组，然后PCR扩增16s（原核）或ITS（真核），将扩增的序列连接T载体，转化感受态细胞，然后挑转化子测序。
3，将测得的序列进行blast，鉴定到属应该没什么问题。
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2楼2014-04-15 22:12:58
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yc521mm

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 肥猫p at 2014-04-15 22:12:58
使用生物的方法可以鉴定是什么菌；但营养液是什么，估计就是你们化学的事了吧。
大概流程你可以这么做：
1，挑一点菌用显微镜观察一下，看看是细菌还是放线菌还是酵母或霉菌什么的，确定一下菌的大类。
2，用每类 ...

谢谢你，不过真是一点都看不懂啊，呵呵，你知道有没有鉴定菌种的公司或学校什么的，是不是我可以花钱去鉴定呢？对了，菌种里有类似淀粉的东西，你知道是什么吗？还有，营养液通常是无机物还是有机物呢？营养液的瓶子上写着MBR-A，这是什么线索？问题太多了，谢谢你！
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科研的道路很长很长......
3楼2014-04-16 08:16:43
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肥猫p

木虫 (正式写手)
MBR-A，，，，我实在不知道是什么。要不你加我qq吧。私下聊。
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4楼2014-04-16 11:44:27
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elvissong

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 肥猫p at 2014-04-15 22:12:58
使用生物的方法可以鉴定是什么菌；但营养液是什么，估计就是你们化学的事了吧。
大概流程你可以这么做：
1，挑一点菌用显微镜观察一下，看看是细菌还是放线菌还是酵母或霉菌什么的，确定一下菌的大类。
2，用每类 ...

菜鸟问一个问题哈。。。为甚么不能直接对PCR产物测序呢。。。。我们这不能做细胞培养的相关操作。。。咋办
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5楼2014-04-16 16:45:43
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炼狱之火

至尊木虫 (知名作家)

逆水行舟，不进则退

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
菌种的鉴别：
第一步，分离纯化，观察纯种菌种的菌落形态，包括菌落大小，粘稠程度，颜色，湿度，边缘等等。
第二步。菌株生理生化特性的鉴定，如发酵试验，耐盐，最适PH，温度，甲基红，吲哚，柠檬酸等试验
第三步，16或18sDNA的序列鉴定
第四步：根据上述结果，鉴定目的菌株
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安之若素，甘之如饴
6楼2014-04-16 17:23:42
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by elvissong at 2014-04-16 16:45:43
菜鸟问一个问题哈。。。为甚么不能直接对PCR产物测序呢。。。。我们这不能做细胞培养的相关操作。。。咋办...

第一：扩增16S用的是通用引物，所以与模板不是100%配对的，如果拿pcr产物测序得用16s通用引物，拿去测序的话失败率很高，这个我确实试过。
第二：测序引物之后的20·30bp测序结果是不准确的。因此，将目标序列克隆到T载体上，使用T载体序列上的引物进行测序，就可以避免掉这个问题。
第三：即使是纯菌，我个人习惯也是多挑几个转化子测序（3~5个），感觉这样确认度高一些吧。
嗯？你是楼主么？我给你留QQ了啊
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7楼2014-04-16 17:32:59
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gemgem

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by elvissong at 2014-04-16 16:45:43
菜鸟问一个问题哈。。。为甚么不能直接对PCR产物测序呢。。。。我们这不能做细胞培养的相关操作。。。咋办...

我们都使用胶回收产物测序，结果还可以。PCR产物的那些酶，引物等体系会影响测序结果。
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8楼2014-04-18 21:45:20
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