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明德2013

铁虫 (初入文坛)

[求助] miRNA提取 已有1人参与

各位高手，在提取植物miRNA荧光定量检测时，我先提取的总RNA，还需要经过PAGE电泳进行miRNA的分离纯化和富集吗？  求高手指点，谢谢！
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独有英雄驱虎豹，更无豪杰怕熊罴。
1楼 2014-04-11 14:32:22
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+5, 鼓励回帖交流！ 2014-04-13 18:25:53
gyesang: 回帖置顶 2014-04-13 18:25:54
我直接告诉你有点不负责任，因为stemloop法测miRNA，实话实说，还是专利项目，目前没有那篇文献大张旗鼓的介绍oligo的设计原理。现在坊间流传的，大多数都是参考stemloop法早期paper，虽然没有明说，但是提供了oligo sequence，然后自己总结出来的。
其实很有规律，看3-4个就能总结出来。
你去看这篇paper吧，ABI的miRNA assay，好像就发表过这一片scientific paper
Real-time quantification of microRNAs by
stem–loop RT–PCR
Caifu Chen*, Dana A. Ridzon, Adam J. Broomer, Zhaohui Zhou, Danny H. Lee,
Julie T. Nguyen, Maura Barbisin, Nan Lan Xu, Vikram R. Mahuvakar, Mark R. Andersen,
Kai Qin Lao, Kenneth J. Livak and Karl J. Guegler
Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, CA 94404, USA
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明德2013
7楼2014-04-12 21:14:38
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普通回帖

biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
明德2013(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-04-12 17:14:38
“在提取植物miRNA荧光定量检测时，我先提取的总RNA，还需要经过PAGE电泳进行miRNA的分离纯化和富集吗？”
你想干嘛？
克隆miRNA？
你要是就想做个taqman miRNA assay之类的，total RNA就可以了
去读你的产品说明书吧
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2楼2014-04-11 14:45:33
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明德2013

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-11 14:45:33
“在提取植物miRNA荧光定量检测时，我先提取的总RNA，还需要经过PAGE电泳进行miRNA的分离纯化和富集吗？”
你想干嘛？
克隆miRNA？
你要是就想做个taqman miRNA assay之类的，total RNA就可以了
去读你的产品说 ...

您好 ，我是想提取miRNA，利用茎环引物逆转录后进行pcr扩增，提取总RNA后，利用总RNA就可以扩增出特定miRNA吗？
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独有英雄驱虎豹，更无豪杰怕熊罴。
3楼2014-04-12 11:59:00
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-04-13 18:25:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by 明德2013 at 2014-04-12 11:59:00
您好 ，我是想提取miRNA，利用茎环引物逆转录后进行pcr扩增，提取总RNA后，利用总RNA就可以扩增出特定miRNA吗？...

是的，一般用Trizol就可以了，讲究么就去买个Ambion的kit，其实也差不多。我一直用Trizol，简单，快捷，便宜。
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4楼2014-04-12 12:45:00
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明德2013

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-12 12:45:00
是的，一般用Trizol就可以了，讲究么就去买个Ambion的kit，其实也差不多。我一直用Trizol，简单，快捷，便宜。...

哦 ，太感谢了！这样就省事多了！
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5楼2014-04-12 20:28:59
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明德2013

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 明德2013 at 2014-04-12 20:28:59
哦 ，太感谢了！这样就省事多了！...

差点忘了，miRNA通过茎环引物逆转录后，进行PCR的上游引物的游离碱基是怎么设计的？根据Tm 和GC含量 随便添加吗？麻烦您了!
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独有英雄驱虎豹，更无豪杰怕熊罴。
6楼2014-04-12 20:34:13
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明德2013

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-12 21:14:38
我直接告诉你有点不负责任，因为stemloop法测miRNA，实话实说，还是专利项目，目前没有那篇文献大张旗鼓的介绍oligo的设计原理。现在坊间流传的，大多数都是参考stemloop法早期paper，虽然没有明说，但是提供了olig ...

太感谢您了，谢了
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独有英雄驱虎豹，更无豪杰怕熊罴。
8楼2014-04-14 21:38:41
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