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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 诚恳求助关于系统发育分析的问题
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富贵列车88

金虫 (小有名气)

[求助] 诚恳求助关于系统发育分析的问题 已有3人参与

我要分析不同区域同一物种系统进化关系，比如分布在中国的某种植物，该怎么分析，要建树吗，如果要建树，用那些序列？
这是我用ITS建的树 怎么分析，谢谢啊

诚恳求助关于系统发育分析的问题
无标题.jpg
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1楼 2014-04-09 19:02:29
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

你这个图看上去就是没有精确进化距离的（等长的），一般都是用来简单看进化关系的，没什么大用。
maximum likelihood号称是最好的办法， bayes也不错
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3楼2014-05-21 00:26:05
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雨中的雕塑

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-20 17:05:24
its是什么方法  求教   我做动物分类的一般都用贝叶斯ML，nj，方法建树的。
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我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛
2楼2014-05-20 16:17:01
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

ITS应该是指楼主建树用的序列:internal transcribed spacers，多半还是核糖体RNA基因中的。
同一物种建树，序列差异比较小，用NJ或者MP法足矣。
建树之后看聚类呗。
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4楼2014-05-22 16:00:00
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