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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS中能不能建一个AC的盒子模拟缓冲溶液，Nacl等盐如何添加
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yanwanghu

金虫 (正式写手)

[求助] MS中能不能建一个AC的盒子模拟缓冲溶液，Nacl等盐如何添加

楼主小白，最近试着做一点模拟。
想请教MS中能不能建一个AC的盒子模拟缓冲溶液，Nacl等盐如何添加。
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1楼 2014-04-08 16:15:59
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yanwanghu: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-04-08 23:42:02
yanwanghu: 金币+10 2014-04-16 16:14:17
可以。
NaCl 按离子形式Na、Cl 加入即可。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-04-08 19:06:06
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yanwanghu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-08 19:06:06
可以。
NaCl 按离子形式Na、Cl 加入即可。

可以直接添加钠离子和氯离子吗？
还是先要在3D里面画出来。
我直接画了个Nacl，MS报错。
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-08 23:41:43
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-10 18:42:32
本帖内容被屏蔽
4楼2014-04-09 08:10:47
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yanwanghu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-08 19:06:06
可以。
NaCl 按离子形式Na、Cl 加入即可。

我直接画了单个钠离子和氯离子以及其他二价阳离子的3D图，是可以直接加在水盒子里面的。
但是有的二价离子就不行了，比如Mn，这又是为什么？
另外要放蛋白质分子在这样的水溶液盒子中是不是也很困难，因为尝试的结果总是报错。
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5楼2014-04-16 16:14:27
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Kiki.Hugh

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by huachao90 at 2014-04-09 08:10:47
离子形式，力场compass就可以

请问，是构建时直接与水分子一起构建呢？还是建成水盒子再另外投入？
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6楼2014-10-31 14:57:27
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by Kiki.Hugh at 2014-10-31 14:57:27
请问，是构建时直接与水分子一起构建呢？还是建成水盒子再另外投入？...

一起构建即可。
如果力场支持该离子，以原子的形式添加进去即可，电荷由力场分配。
赞一下(2人) 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
7楼2014-10-31 15:47:01
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Kiki.Hugh

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-10-31 15:47:01
一起构建即可。
如果力场支持该离子，以原子的形式添加进去即可，电荷由力场分配。...

感谢
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8楼2014-12-09 19:30:52
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