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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » mdp文件中“Output control”的参数设置？
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)

[求助] mdp文件中“Output control”的参数设置？ 已有3人参与

之前在运算完nvt和npt之后，生成的.trr文件都是30多G，怎么这么大呀，请教各位大神，是不是需要调节mdp参数里的“Output control”部分，让输出的文件变小一点？这个调整有什么规律吗？能根据步长的改变在之前的模板上相应倍数调整输出频率吗？谢谢！！
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1楼 2014-04-08 11:28:18
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-08 19:03:52
1、RTFM

2、直接关掉.trr格式的文件输出，输出xtc文件就行了。

3、例如我的输出控制部分：

; OUTPUT CONTROL OPTIONS =
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =
nstxout                  = 0
nstvout                  = 0
nstfout                  = 0
; Output frequency for energies to log file and energy file =
nstlog                   = 1000
nstenergy                = 1000
; Output frequency and precision for xtc file =
nstxtcout                = 25000
xtc_precision            = 100

看明白这几个参数的意义，根据自己的需求去调节
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3楼2014-04-08 13:51:18
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-04-08 19:03:59
引用回帖:
7楼: Originally posted by _蝶飞 at 2014-04-08 14:26:37
更改以后，计算速度会加快一点吗？...

计算时候耗时比较大的部分基本是有你体系大小，运动数目以及设定的步数目还有cut-off的影响，原子之间的相互作用这部分计算花费比较大的时间的，如果只是输出文件的改变的话，应该是能加快点，但是我觉得差别不是太大。如果精度要求不是太高，可以通过把cut-off减小一点来提高计算速度等方法。
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gromacs
10楼2014-04-08 14:38:52
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普通回帖

lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-04-08 19:04:11
可以 可以设置nxtxout nxtvout的值来控制坐标 速度的输出
能量等其他也可以控制
具体可以查阅手册第七章
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2楼2014-04-08 13:05:02
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
_蝶飞: 金币+5, ★有帮助 2014-04-08 14:05:07
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-08 19:04:17
把每隔多少步输出一次变大点呗，比如nstxtcout=1000.每隔1000个step输出一个xtc文件
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gromacs
4楼2014-04-08 14:01:38
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-04-08 14:01:38
把每隔多少步输出一次变大点呗，比如nstxtcout=1000.每隔1000个step输出一个xtc文件

很感谢您的帮助，我想再问一下，每隔多少步输出一下，这个数目的改变是随意的吗？改的时候需不需要参照什么依据？
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5楼2014-04-08 14:06:45
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-08 13:51:18
1、RTFM

2、直接关掉.trr格式的文件输出，输出xtc文件就行了。

3、例如我的输出控制部分：

; OUTPUT CONTROL OPTIONS =
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =
nstxout ...

输出的文件对之后的的数据分析有影响吗？
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6楼2014-04-08 14:09:35
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-04-08 14:01:38
把每隔多少步输出一次变大点呗，比如nstxtcout=1000.每隔1000个step输出一个xtc文件

更改以后，计算速度会加快一点吗？
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7楼2014-04-08 14:26:37
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-08 13:51:18
1、RTFM

2、直接关掉.trr格式的文件输出，输出xtc文件就行了。

3、例如我的输出控制部分：

; OUTPUT CONTROL OPTIONS =
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =
nstxout ...

更改以后计算速度会加快一点吗？
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8楼2014-04-08 14:26:48
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-04-08 19:04:26
引用回帖:
5楼: Originally posted by _蝶飞 at 2014-04-08 14:06:45
很感谢您的帮助，我想再问一下，每隔多少步输出一下，这个数目的改变是随意的吗？改的时候需不需要参照什么依据？...

一般来说，没什么限制，毕竟你那个30多个G数据太大了，每隔1000step输出一个没什么问题，当然这样多数据点是相应变少了，最后处理数据时候只要涨落不是非常大这样做ok的
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gromacs
9楼2014-04-08 14:32:53
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