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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 请各位前辈看看这是否是内存不足的原因导致出错
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浔荆

木虫 (正式写手)

[求助] 请各位前辈看看这是否是内存不足的原因导致出错 已有2人参与

这两天我用CASTEP提交服务器计算的时候，总是在任务提交一分钟后返回任务失败的信息，很是困惑，还请各位前辈指教
另外，之前算的体系有比这需求更大内存的，也没出现此错误，就在这两天无论如何都是返回这个错误。
Job started on host node25
at Sun Apr  6 11:42:09 2014

Number of nodes has been changed
from 100 to 99 to improve performance.

+-------------------------------------------------+
|                                                 |
|      CCC   AA    SSS  TTTTT  EEEEE  PPPP        |
|     C     A  A  S       T    E      P   P       |
|     C     AAAA   SS     T    EEE    PPPP        |
|     C     A  A     S    T    E      P           |
|      CCC  A  A  SSS     T    EEEEE  P           |
|                                                 |
+-------------------------------------------------+
|                                                 |
| Welcome to Materials Studio CASTEP version 6.0  |
| Ab Initio Total Energy Program                  |
|                                                 |
| Authors:                                        |
| M. Segall, M. Probert, C. Pickard, P. Hasnip,   |
| S. Clark, K. Refson, J. R. Yates, M. Payne      |
|                                                 |
| Contributors:                                   |
| P. Lindan, P. Haynes, J. White, V. Milman,      |
| N. Govind, M. Gibson, P. Tulip, V. Cocula,      |
| B. Montanari, D. Quigley, M. Glover,            |
| L. Bernasconi, A. Perlov, M. Plummer,           |
| E. McNellis, J. Meyer, J. Gale, D. Jochym       |
| J. Aarons, B. Walker                            |
|                                                 |
| Copyright (c) 2000 - 2011                       |
|                                                 |
| Please cite                                     |
|                                                 |
|     "First principles methods using CASTEP"     |
|                                                 |
|         Zeitschrift fuer Kristallographie       |
|           220(5-6) pp. 567-570 (2005)           |
|                                                 |
| S. J. Clark, M. D. Segall, C. J. Pickard,       |
| P. J. Hasnip, M. J. Probert, K. Refson,         |
| M. C. Payne                                     |
|                                                 |
|       in all publications arising from          |
|              your use of CASTEP                 |
|                                                 |
+-------------------------------------------------+


This version was compiled for x86_64-rhel4-intel11.1 on Dec 08 2011

License checkout of MS_castep successful

Info: number of up-spin electrons is equal to the
       number of down-spins and spin_polarized=true
     - consider setting spin_polarized=false.

Pseudo atomic calculation performed for O 2s2 2p4

Converged in 25 iterations to a total energy of -429.6136 eV


Pseudo atomic calculation performed for U 5f3 6s2 6p6 6d1 7s2

Converged in 30 iterations to a total energy of -1394.7754 eV

Calculation parallelised over 72 processes.
Data is distributed by G-vector(2-way) and k-point(36-way)

************************************ Title ************************************
CASTEP calculation from Materials Studio

***************************** General Parameters ******************************
  
output verbosity                               : normal  (1)
write checkpoint data to                       : UO2.check
type of calculation                            : geometry optimization
stress calculation                             : on
density difference calculation                 : off
electron localisation func (ELF) calculation   : off
Hirshfeld analysis                             : off
unlimited duration calculation
timing information                             : on
memory usage estimate                          : on
write final potential to formatted file        : off
write final density to formatted file          : off
write BibTeX reference list                    : on
  
output         length unit                     : A
output           mass unit                     : amu
output           time unit                     : ps
output         charge unit                     : e
output         energy unit                     : eV
output          force unit                     : eV/A
output       velocity unit                     : A/ps
output       pressure unit                     : GPa
output     inv_length unit                     : 1/A
output      frequency unit                     : cm-1
output force constant unit                     : eV/A**2
output         volume unit                     : A**3
output   IR intensity unit                     : (D/A)**2/amu
output         dipole unit                     : D
output         efield unit                     : eV/A/e
output        entropy unit                     : J/mol/K
  
wavefunctions paging                           : all
random number generator seed                   : randomised (114216752)
data distribution                              : optimal for this architecture
optimization strategy                          : minimize memory(---)

*********************** Exchange-Correlation Parameters ***********************
  
using functional                               : Perdew Burke Ernzerhof
Divergence correction                          : off
DFT+D: Semi-empirical dispersion correction    : off

************************* Pseudopotential Parameters **************************
  
pseudopotential representation                 : reciprocal space
<beta|phi> representation                      : reciprocal space

**************************** Basis Set Parameters *****************************
  
plane wave basis set cut-off                   :   550.0000   eV
size of standard grid                          :     2.0000
size of   fine   grid                          :     3.0000
size of   fine   gmax                          :    36.0447   1/A
largest prime factor in FFT                    :          5
finite basis set correction                    : automatic
number of sample energies                      :          3
           sample  spacing                      :     5.0000   eV

**************************** Electronic Parameters ****************************
  
number of  electrons                           :  104.0   
net charge of system                           :  0.000   
net spin   of system                           :  0.000   
number of  up  spins                           :  52.00   
number of down spins                           :  52.00   
treating system as spin-polarized
number of bands                                :         99

********************* Electronic Minimization Parameters **********************
  
Method: Treating system as metallic with density mixing treatment of electrons,
         and number of  SD  steps               :          1
         and number of  CG  steps               :          4
  
total energy / atom convergence tol.           : 0.1000E-05   eV
eigen-energy convergence tolerance             : 0.1212E-06   eV
max force / atom convergence tol.              : ignored
convergence tolerance window                   :          3   cycles
max. number of SCF cycles                      :        250
number of fixed-spin iterations                :          6
smearing scheme                                : Gaussian
smearing width                                 : 0.2500       eV
Fermi energy convergence tolerance             : 0.1212E-07   eV

************************** Density Mixing Parameters **************************
  
density-mixing scheme                          : Pulay
max. length of mixing history                  :         20
charge density mixing amplitude                : 0.1000   
   spin density mixing amplitude                : 0.4000   
cut-off energy for mixing                      :  550.0       eV
charge density mixing g-vector                 :  1.500       1/A
   spin density mixing g-vector                 :  1.500       1/A

********************** Geometry Optimization Parameters ***********************
  
optimization method                            : BFGS
variable cell method                           : fixed basis quality
max. number of steps                           :        100
estimated bulk modulus                         :  500.0       GPa
estimated <frequency>                          :  1668.       cm-1
geom line minimiser                            : on
with line minimiser tolerance                  :     0.4000
  with spin fully able to relax for all steps
total energy convergence tolerance             : 0.1000E-04   eV/atom
        max ionic |force| tolerance             : 0.3000E-01   eV/A
max ionic |displacement| tolerance             : 0.1000E-02   A
   max |stress component| tolerance             : 0.5000E-01   GPa
convergence tolerance window                   :          2   steps
backup results every                           :          5   steps

*******************************************************************************
  

                           -------------------------------
                                      Unit Cell
                           -------------------------------
        Real Lattice(A)                      Reciprocal Lattice(1/A)
   5.5078056   0.0000035   0.0006160        1.1407783   0.0000000   0.0000000
   0.0000000   5.5078073   0.0006274       -0.0000007   1.1407780   0.0000000
   0.0000000   0.0000000   5.4880015       -0.0001280  -0.0001304   1.1448950

                       Lattice parameters(A)       Cell Angles
                    a =    5.507806          alpha =   89.993473
                    b =    5.507807          beta  =   89.993592
                    c =    5.488001          gamma =   89.999963

                       Current cell volume =  166.483639       A**3

                           -------------------------------
                                     Cell Contents
                           -------------------------------
                         Total number of ions in cell =   12
                      Total number of species in cell =    2
                        Max number of any one species =    8

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
            x  Element    Atom        Fractional coordinates of atoms  x
            x            Number           u          v          w      x
            x----------------------------------------------------------x
            x  O            1         0.250005   0.250006   0.250001   x
            x  O            2         0.749999   0.749989   0.250000   x
            x  O            3         0.749993   0.249983   0.749999   x
            x  O            4         0.249991   0.750004   0.750000   x
            x  O            5         0.250001   0.250011   0.750000   x
            x  O            6         0.749995   0.749994   0.749999   x
            x  O            7         0.750009   0.249996   0.250000   x
            x  O            8         0.250007   0.750017   0.250001   x
            x  U            1         0.000000   0.000000   0.000000   x
            x  U            2         0.000000   0.500000   0.500000   x
            x  U            3         0.500000   0.000000   0.500000   x
            x  U            4         0.500000   0.500000   0.000000   x
            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx


                         No user defined ionic velocities

                           -------------------------------
                                   Details of Species
                           -------------------------------

                               Mass of species in AMU
                                    O   15.9989996
                                    U  238.0290070

                          Electric Quadrupole Moment (Barn)
                                    O   -0.0255800 Isotope 17
                                    U    4.9360000 Isotope235

                          Files used for pseudopotentials:
                                    O O_00PBE.usp
                                    U U_00PBE.usp

                           -------------------------------
                              k-Points For BZ Sampling
                           -------------------------------
                       MP grid size for SCF calculation is  6  6  6
                         Number of kpoints used =         108

             +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
             +  Number       Fractional coordinates        Weight  +
             +-----------------------------------------------------+
             +     1   0.416667   0.416667   0.416667   0.0092593  +
             +     2   0.416667   0.416667   0.250000   0.0092593  +
             +     3   0.416667   0.416667   0.083333   0.0092593  +
             +     4   0.416667   0.416667  -0.083333   0.0092593  +
             +     5   0.416667   0.416667  -0.250000   0.0092593  +
             +     6   0.416667   0.416667  -0.416667   0.0092593  +
             +     7   0.416667   0.250000   0.416667   0.0092593  +
             +     8   0.416667   0.250000   0.250000   0.0092593  +
             +     9   0.416667   0.250000   0.083333   0.0092593  +
             +    10   0.416667   0.250000  -0.083333   0.0092593  +
             +    11   0.416667   0.250000  -0.250000   0.0092593  +
             +    12   0.416667   0.250000  -0.416667   0.0092593  +
             +    13   0.416667   0.083333   0.416667   0.0092593  +
             +    14   0.416667   0.083333   0.250000   0.0092593  +
             +    15   0.416667   0.083333   0.083333   0.0092593  +
             +    16   0.416667   0.083333  -0.083333   0.0092593  +
             +    17   0.416667   0.083333  -0.250000   0.0092593  +
             +    18   0.416667   0.083333  -0.416667   0.0092593  +
             +    19   0.416667  -0.083333   0.416667   0.0092593  +
             +    20   0.416667  -0.083333   0.250000   0.0092593  +
             +    21   0.416667  -0.083333   0.083333   0.0092593  +
             +    22   0.416667  -0.083333  -0.083333   0.0092593  +
             +    23   0.416667  -0.083333  -0.250000   0.0092593  +
             +    24   0.416667  -0.083333  -0.416667   0.0092593  +
             +    25   0.416667  -0.250000   0.416667   0.0092593  +
             +    26   0.416667  -0.250000   0.250000   0.0092593  +
             +    27   0.416667  -0.250000   0.083333   0.0092593  +
             +    28   0.416667  -0.250000  -0.083333   0.0092593  +
             +    29   0.416667  -0.250000  -0.250000   0.0092593  +
             +    30   0.416667  -0.250000  -0.416667   0.0092593  +
             +    31   0.416667  -0.416667   0.416667   0.0092593  +
             +    32   0.416667  -0.416667   0.250000   0.0092593  +
             +    33   0.416667  -0.416667   0.083333   0.0092593  +
             +    34   0.416667  -0.416667  -0.083333   0.0092593  +
             +    35   0.416667  -0.416667  -0.250000   0.0092593  +
             +    36   0.416667  -0.416667  -0.416667   0.0092593  +
             +    37   0.250000   0.416667   0.416667   0.0092593  +
             +    38   0.250000   0.416667   0.250000   0.0092593  +
             +    39   0.250000   0.416667   0.083333   0.0092593  +
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             +    50   0.250000   0.083333   0.250000   0.0092593  +
             +    51   0.250000   0.083333   0.083333   0.0092593  +
             +    52   0.250000   0.083333  -0.083333   0.0092593  +
             +    53   0.250000   0.083333  -0.250000   0.0092593  +
             +    54   0.250000   0.083333  -0.416667   0.0092593  +
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             +    56   0.250000  -0.083333   0.250000   0.0092593  +
             +    57   0.250000  -0.083333   0.083333   0.0092593  +
             +    58   0.250000  -0.083333  -0.083333   0.0092593  +
             +    59   0.250000  -0.083333  -0.250000   0.0092593  +
             +    60   0.250000  -0.083333  -0.416667   0.0092593  +
             +    61   0.250000  -0.250000   0.416667   0.0092593  +
             +    62   0.250000  -0.250000   0.250000   0.0092593  +
             +    63   0.250000  -0.250000   0.083333   0.0092593  +
             +    64   0.250000  -0.250000  -0.083333   0.0092593  +
             +    65   0.250000  -0.250000  -0.250000   0.0092593  +
             +    66   0.250000  -0.250000  -0.416667   0.0092593  +
             +    67   0.250000  -0.416667   0.416667   0.0092593  +
             +    68   0.250000  -0.416667   0.250000   0.0092593  +
             +    69   0.250000  -0.416667   0.083333   0.0092593  +
             +    70   0.250000  -0.416667  -0.083333   0.0092593  +
             +    71   0.250000  -0.416667  -0.250000   0.0092593  +
             +    72   0.250000  -0.416667  -0.416667   0.0092593  +
             +    73   0.083333   0.416667   0.416667   0.0092593  +
             +    74   0.083333   0.416667   0.250000   0.0092593  +
             +    75   0.083333   0.416667   0.083333   0.0092593  +
             +    76   0.083333   0.416667  -0.083333   0.0092593  +
             +    77   0.083333   0.416667  -0.250000   0.0092593  +
             +    78   0.083333   0.416667  -0.416667   0.0092593  +
             +    79   0.083333   0.250000   0.416667   0.0092593  +
             +    80   0.083333   0.250000   0.250000   0.0092593  +
             +    81   0.083333   0.250000   0.083333   0.0092593  +
             +    82   0.083333   0.250000  -0.083333   0.0092593  +
             +    83   0.083333   0.250000  -0.250000   0.0092593  +
             +    84   0.083333   0.250000  -0.416667   0.0092593  +
             +    85   0.083333   0.083333   0.416667   0.0092593  +
             +    86   0.083333   0.083333   0.250000   0.0092593  +
             +    87   0.083333   0.083333   0.083333   0.0092593  +
             +    88   0.083333   0.083333  -0.083333   0.0092593  +
             +    89   0.083333   0.083333  -0.250000   0.0092593  +
             +    90   0.083333   0.083333  -0.416667   0.0092593  +
             +    91   0.083333  -0.083333   0.416667   0.0092593  +
             +    92   0.083333  -0.083333   0.250000   0.0092593  +
             +    93   0.083333  -0.083333   0.083333   0.0092593  +
             +    94   0.083333  -0.083333  -0.083333   0.0092593  +
             +    95   0.083333  -0.083333  -0.250000   0.0092593  +
             +    96   0.083333  -0.083333  -0.416667   0.0092593  +
             +    97   0.083333  -0.250000   0.416667   0.0092593  +
             +    98   0.083333  -0.250000   0.250000   0.0092593  +
             +    99   0.083333  -0.250000   0.083333   0.0092593  +
             +   100   0.083333  -0.250000  -0.083333   0.0092593  +
             +   101   0.083333  -0.250000  -0.250000   0.0092593  +
             +   102   0.083333  -0.250000  -0.416667   0.0092593  +
             +   103   0.083333  -0.416667   0.416667   0.0092593  +
             +   104   0.083333  -0.416667   0.250000   0.0092593  +
             +   105   0.083333  -0.416667   0.083333   0.0092593  +
             +   106   0.083333  -0.416667  -0.083333   0.0092593  +
             +   107   0.083333  -0.416667  -0.250000   0.0092593  +
             +   108   0.083333  -0.416667  -0.416667   0.0092593  +
             +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

                           -------------------------------
                               Symmetry and Constraints
                           -------------------------------

         There are no symmetry operations specified or generated for this cell
         There are no ionic constraints specified or generated for this cell
                      Maximum deviation from symmetry =  0.00000         ANG
               Point group of crystal =     1: C1, 1, 1

                        Centre of mass is NOT constrained

                         Number of cell constraints= 0
                         Cell constraints are:  1 2 3 4 5 6

                         External pressure/stress (GPa)
                          0.00000   0.00000   0.00000
                                    0.00000   0.00000
                                              0.00000
  
+---------------- MEMORY AND SCRATCH DISK ESTIMATES PER NODE -----------------+
|                                                     Memory          Disk    |
| Model and support data                               59.8 MB       316.1 MB |
| Electronic energy minimisation requirements          23.2 MB        44.6 MB |
|                                               ----------------------------- |
| Approx. total storage required per node              83.0 MB       360.7 MB |
|                                                                             |
| Requirements will fluctuate during execution and may exceed these estimates |
+-----------------------------------------------------------------------------+
Calculating finite basis set correction with  3 cut-off energies.
Calculating total energy with cut-off of  540.000eV.
Error: ion_set_Q_at_origin_recip: failure to write recip_Q0_save to page file
Current trace stack:
ion_set_Q_at_origin_recip
ion_int_Q_at_origin_recip
nlpot_calculate_d
electronic_prepare_H
electronic_minimisation
calculate_finite_basis_corr
check_elec_ground_state
castep
Error: ion_set_Q_at_origin_recip: failure to write recip_Q0_save to page file
Current trace stack:
ion_set_Q_at_origin_recip
ion_int_Q_at_origin_recip
nlpot_calculate_d
electronic_prepare_H
electronic_minimisation
calculate_finite_basis_corr
check_elec_ground_state
castep
Error: ion_set_Q_at_origin_recip: failure to write recip_Q0_save to page file
Current trace stack:
ion_set_Q_at_origin_recip
ion_int_Q_at_origin_recip
nlpot_calculate_d
electronic_prepare_H
electronic_minimisation
calculate_finite_basis_corr
check_elec_ground_state
castep
Error: ion_set_Q_at_origin_recip: failure to write recip_Q0_save to page file
Current trace stack:
ion_set_Q_at_origin_recip
ion_int_Q_at_origin_recip
nlpot_calculate_d
electronic_prepare_H
electronic_minimisation
calculate_finite_basis_corr
check_elec_ground_state
castep
Error: ion_set_Q_at_origin_recip: failure to write recip_Q0_save to page file
Current trace stack:
ion_set_Q_at_origin_recip
ion_int_Q_at_origin_recip
nlpot_calculate_d
electronic_prepare_H
electronic_minimisation
calculate_finite_basis_corr
check_elec_ground_state
castep
Error: ion_set_Q_at_origin_recip: failure to write recip_Q0_save to page file
Current trace stack:
ion_set_Q_at_origin_recip
ion_int_Q_at_origin_recip
nlpot_calculate_d
electronic_prepare_H
electronic_minimisation
calculate_finite_basis_corr
check_elec_ground_state
castep
Error: ion_set_Q_at_origin_recip: failure to write recip_Q0_save to page file
Current trace stack:
ion_set_Q_at_origin_recip
ion_int_Q_at_origin_recip
nlpot_calculate_d
electronic_prepare_H
electronic_minimisation
calculate_finite_basis_corr
check_elec_ground_state
castep
Error: ion_set_Q_at_origin_recip: failure to write recip_Q0_save to page file
Current trace stack:
ion_set_Q_at_origin_recip
ion_int_Q_at_origin_recip
nlpot_calculate_d
electronic_prepare_H
electronic_minimisation
calculate_finite_basis_corr
check_elec_ground_state
castep

Last known process information:
===============================
Name:        castepexe.exe
State:        R (running)
SleepAVG:        0%
Tgid:        8157
Pid:        8157
PPid:        8142
TracerPid:        0
Uid:        604        604        604        604
Gid:        562        562        562        562
FDSize:        64
Groups:        562 577
VmPeak:          285656 kB
VmSize:          279868 kB
VmLck:               0 kB
VmHWM:          133712 kB
VmRSS:          126944 kB
VmData:          128296 kB
VmStk:            1120 kB
VmExe:           47148 kB
VmLib:            8260 kB
VmPTE:             500 kB
StaBrk:        18d01000 kB
Brk:        1f390000 kB
StaStk:        7fff6c4b0240 kB
Threads:        2
SigQ:        0/40960
SigPnd:        0000000000000000
ShdPnd:        0000000000000000
SigBlk:        0000000000000000
SigIgn:        0000000001000000
SigCgt:        00000001c00054ef
CapInh:        0000000000000000
CapPrm:        0000000000000000
CapEff:        0000000000000000
Cpus_allowed:        00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000001
Mems_allowed:        00000000,00000001
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1楼 2014-04-06 11:55:37
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597034232

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我也出现这个问题，我觉得应该就是内存不足导致的，应该清理缓存，可以试试这样看可以不
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7楼2015-07-13 10:19:03
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李在弦
文

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-04-06 11:59:29
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-07 22:01:18
你这个是看不出来错误类型的， 你查看一下 View -> Project log里面有错误原因
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-06 17:51:41
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lq6865387

木虫 (著名写手)

有志成年

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-07 22:01:24
建议查看磁盘空间是否充足
建议清理垃圾，缓存
然后重新计算
赞一下 回复此楼
Better Late Than Never
4楼2014-04-06 19:08:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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