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propamidine

铁杆木虫 (著名写手)

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[交流] Drug-DNA相互作用的Footprinting，欢迎讨论~~

1、经典的Footprinting主要用于Protein-DNA相互作用研究，有朋友做过小分子药物（配体）-DNA的Footprinting？
2、目前基于测序仪的Footprinting，有朋友做过小分子药物（配体）-DNA的Footprinting？如何分析数据？
3、基于测序仪的Footprinting，可使用6-FAM标记，而经典的Footprinting基于凝胶分离，使用放射性同位素32P标记，可以用6-FAM标记进行经典方法吗？
欢迎讨论~~~~

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1楼 2014-04-03 12:14:55

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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★
propamidine(金币+5): 谢谢参与
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-04-03 14:16:46

footprinting的原理有很多，你要想用哪种？
对于DNA的footprinting，现在基本上是通过primer extension检测的，这一点很容易实现高通量检测，现在在DNA上做这个已经不多了，但是全基因组footprinting RNA二级结构的顶级文章，近半年就发了两三篇吧，原理差不多的。
primer extension，荧光标记在primer上。