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xja1830

木虫 (正式写手)

[求助] 求解单晶牛人帮看一个结构 已有1人参与

已经请xi2004老师帮忙好几次了，这次不好意思再请他帮忙了。本人新手，也在不断学习中。最近组里做一个单晶，我给解出来了，只是goof值和r值比较大，checkcif提示有溶剂分子没有解析出来。同学说只用了二氯甲烷和正己烷重结晶，我精修时看到一些Q峰连接，但是从键长和键角看不像DCM，有可能是其他溶剂分子。或者我想是不是我把结构解错了？请个高手给看看！结构、hkl、p4p文件和我解析过程在附件里。解完麻烦连同ins文件、cif和checkcif文件发至xiao1830@126.com,无A、B类错误即返金币。
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    • 2014-03-31 21:57:47, 763.66 K

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以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
1楼 2014-03-31 21:57:49
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xja1830

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wxc19871115 at 2014-04-15 21:34:38
用olex2的solvent mask除掉溶剂了，只剩下一个B类错误
PLAT601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 156 Ang3
这个据说解释一下就行了。...

谢谢了。这个已经解决了。用platon-aqueeze处理可以解决。不过olex倒是没用过。学习了！
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5楼2014-04-15 21:58:47
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forever1706

禁虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xja1830: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2014-04-01 08:56:25
不会弄 啊，貌似是正己烷在对称元素上，定不好，所以用squeeze干掉了，懒人的做法。已发邮箱。
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    • 2014-04-01 05:01:22, 148.8 K
2楼2014-04-01 05:01:29
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xja1830

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by forever1706 at 2014-04-01 05:01:29
不会弄 啊，貌似是正己烷在对称元素上，定不好，所以用squeeze干掉了，懒人的做法。已发邮箱。

您好！这个溶剂无序也只能squeeze处理了。先谢谢你了。不过我要问下，我squeeze后有两套新数据包含hkl和ins，res文件，无hkb文件，分别以sq和sqd后缀结尾。我将name_sq.hkl改成精修后含溶剂峰的衍射数据文件name_hkl并替换这个文件,再XL，但是还是不能收敛，goof很大，我又试着用 name_sqd.hkl改成name_hkl并替换这个文件,再XL ，发现经过几轮后收敛了，checkcif之后，只有一个B级错误提示还含有溶剂没解析出来。没有A级错误。为什么您解析时没有出现这个问题？麻烦您了！望提点下。
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3楼2014-04-01 16:13:24
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wxc19871115

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xja1830 at 2014-04-01 16:13:24
您好！这个溶剂无序也只能squeeze处理了。先谢谢你了。不过我要问下，我squeeze后有两套新数据包含hkl和ins，res文件，无hkb文件，分别以sq和sqd后缀结尾。我将name_sq.hkl改成精修后含溶剂峰的衍射数据文件name_h ...

用olex2的solvent mask除掉溶剂了，只剩下一个B类错误
PLAT601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 156 Ang3
这个据说解释一下就行了。
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    • 2014-04-15 21:33:06, 1.3 M
4楼2014-04-15 21:34:38
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