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xja1830

木虫 (正式写手)

[求助] 求解单晶牛人帮看一个结构 已有1人参与

已经请xi2004老师帮忙好几次了,这次不好意思再请他帮忙了。本人新手,也在不断学习中。最近组里做一个单晶,我给解出来了,只是goof值和r值比较大,checkcif提示有溶剂分子没有解析出来。同学说只用了二氯甲烷和正己烷重结晶,我精修时看到一些Q峰连接,但是从键长和键角看不像DCM,有可能是其他溶剂分子。或者我想是不是我把结构解错了?请个高手给看看!结构、hkl、p4p文件和我解析过程在附件里。解完麻烦连同ins文件、cif和checkcif文件发至xiao1830@126.com,无A、B类错误即返金币。
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  • 2014-03-31 21:57:47, 763.66 K

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以一颗执着不变的心,勇往直前,迎向未来。
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wxc19871115

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xja1830 at 2014-04-01 16:13:24
您好!这个溶剂无序也只能squeeze处理了。先谢谢你了。不过我要问下,我squeeze后有两套新数据包含hkl和ins,res文件,无hkb文件,分别以sq和sqd后缀结尾。我将name_sq.hkl改成精修后含溶剂峰的衍射数据文件name_h ...

用olex2的solvent mask除掉溶剂了,只剩下一个B类错误
PLAT601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 156 Ang3
这个据说解释一下就行了。

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  • 2014-04-15 21:33:06, 1.3 M
4楼2014-04-15 21:34:38
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forever1706

禁虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xja1830: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2014-04-01 08:56:25
不会弄 啊,貌似是正己烷在对称元素上,定不好,所以用squeeze干掉了,懒人的做法。已发邮箱。

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  • 2014-04-01 05:01:22, 148.8 K
2楼2014-04-01 05:01:29
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xja1830

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by forever1706 at 2014-04-01 05:01:29
不会弄 啊,貌似是正己烷在对称元素上,定不好,所以用squeeze干掉了,懒人的做法。已发邮箱。

您好!这个溶剂无序也只能squeeze处理了。先谢谢你了。不过我要问下,我squeeze后有两套新数据包含hkl和ins,res文件,无hkb文件,分别以sq和sqd后缀结尾。我将name_sq.hkl改成精修后含溶剂峰的衍射数据文件name_hkl并替换这个文件,再XL,但是还是不能收敛,goof很大,我又试着用 name_sqd.hkl改成name_hkl并替换这个文件,再XL ,发现经过几轮后收敛了,checkcif之后,只有一个B级错误提示还含有溶剂没解析出来。没有A级错误。为什么您解析时没有出现这个问题?麻烦您了!望提点下。
以一颗执着不变的心,勇往直前,迎向未来。
3楼2014-04-01 16:13:24
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xja1830

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wxc19871115 at 2014-04-15 21:34:38
用olex2的solvent mask除掉溶剂了,只剩下一个B类错误
PLAT601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 156 Ang3
这个据说解释一下就行了。...

谢谢了。这个已经解决了。用platon-aqueeze处理可以解决。不过olex倒是没用过。学习了!
以一颗执着不变的心,勇往直前,迎向未来。
5楼2014-04-15 21:58:47
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