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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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fifiyang2009

木虫 (小有名气)

[求助] STOP PMEMD Terminated Abnormally 已有1人参与

请教,我用amber运行MD时候,已经跑了10ns了,但是后面延长时间的时候,用GPU投任务出现了“STOP PMEMD Terminated Abnormally!”。 我于是检查了上一步的mdcrd和rst文件,结果看起来没有问题,但是生成pdb时候,出现了以下错误信息:
| New format PARM file being parsed.
| Version =    1.000 Date = 03/07/14 Time = 09:58:47
At line 890 of file ambpdb.F90 (unit = 5, file = 'stdin')
Fortran runtime error: Bad value during floating point read
请大神帮忙。
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smutao

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2014-03-31 17:01:55
本帖内容被屏蔽

2楼2014-03-30 13:16:35
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fifiyang2009

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-30 13:16:35
ambertools命令行不能生成pdb的话试试用vmd载入轨迹 然后生成pdb

您的意思是用VMD看看轨迹是否合理先?
3楼2014-03-30 15:43:05
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