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yangyan19890

新虫 (小有名气)

[求助] 计算一系列不同的温度,有没有可能将所有的温度放在一个文件里,算一遍即可

我要对一个较大体系做构型优化和频率分析,同时考虑一系列不同的温度影响,不可能每一个文件都只是换一个温度再重新算一遍吧,有没有可能将所有的温度放在一个文件里,请指教!
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sobereva

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhou2009: 2014-03-29 11:00:32
yangyan19890(gkf高代发): 金币+5 2014-03-29 15:21:42
zhou2009: 2014-03-29 15:22:38
yangyan19890(zhou2009代发): 金币+5 2014-03-29 15:23:39
用高斯自带的freqchk工具,直接用之前振动分析得到的fch文件并指定温度即可输出相应温度的热力学数据
2楼2014-03-28 17:26:42
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yangyan19890

新虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by sobereva at 2014-03-28 17:26:42
用高斯自带的freqchk工具,直接用之前振动分析得到的fch文件并指定温度即可输出相应温度的热力学数据

谢谢,我有空试下,不过我是菜鸟,有问题时再请教啊
3楼2014-03-29 09:56:30
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yangyan19890

新虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by sobereva at 2014-03-28 17:26:42
用高斯自带的freqchk工具,直接用之前振动分析得到的fch文件并指定温度即可输出相应温度的热力学数据

你好,我试了试,还是不会,能不能说的详细点,比如我现在有个结构做了构型优化和频率分析,现在我想得到该结构在不同温度下的热力学参数主要是G,先把构型优化频率分析得到的chk文件转换成fchk文件,再用Gaussianview打开该fchk文件,下边怎么做呢,我用的是Gaussianview5.0,你说的freqchk工具是Gaussianview带的,还是Gaussian03或09带的
4楼2014-06-08 14:36:29
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sobereva

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4楼: Originally posted by yangyan19890 at 2014-06-08 14:36:29
你好,我试了试,还是不会,能不能说的详细点,比如我现在有个结构做了构型优化和频率分析,现在我想得到该结构在不同温度下的热力学参数主要是G,先把构型优化频率分析得到的chk文件转换成fchk文件,再用Gaussian ...

如果你是用windows版高斯,启动高斯,然后选utilities-freqchk,然后选频率计算得到的chk文件,然后按提示操作即可
freqchk是高斯自己带的,在高斯的安装目录下就能找到
5楼2014-06-08 15:49:30
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yangyan19890

新虫 (小有名气)

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5楼: Originally posted by sobereva at 2014-06-08 15:49:30
如果你是用windows版高斯,启动高斯,然后选utilities-freqchk,然后选频率计算得到的chk文件,然后按提示操作即可
freqchk是高斯自己带的,在高斯的安装目录下就能找到...

我的结构当初都是传到集群,应该是LINUX下算的,用windows版高斯可以吗,我试了下,出现Bad file opened by File I0……

    Error termination in  NtrErr:
      NtrErr Called from F请高手再指点下
6楼2014-06-08 16:36:53
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sobereva

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6楼: Originally posted by yangyan19890 at 2014-06-08 16:36:53
我的结构当初都是传到集群,应该是LINUX下算的,用windows版高斯可以吗,我试了下,出现Bad file opened by File I0……

    Error termination in  NtrErr:
      NtrErr Called from F请高手再指点下...

linux下的chk文件不能用windows版formchk分析。
直接用linux下高斯自带的formchk来分析
7楼2014-06-08 16:44:00
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yangyan19890

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7楼: Originally posted by sobereva at 2014-06-08 16:44:00
linux下的chk文件不能用windows版formchk分析。
直接用linux下高斯自带的formchk来分析...

linux版的高斯不能安装在windows系统里的吧?这样如果linux系统得到的chk文件转换不成windows下能用的类型的话,我是不是还得传到集群上算,之前没这样做过,对此毫无概念,请亲指导,传到集群上算时,需要写什么输入文件吗,怎么写,传上去后输入什么命令开始算

非常感谢!
8楼2014-06-08 17:04:56
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sobereva

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gmy1990: 金币+2 2014-06-09 04:38:32
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8楼: Originally posted by yangyan19890 at 2014-06-08 17:04:56
linux版的高斯不能安装在windows系统里的吧?这样如果linux系统得到的chk文件转换不成windows下能用的类型的话,我是不是还得传到集群上算,之前没这样做过,对此毫无概念,请亲指导,传到集群上算时,需要写什么输 ...

把chk文件弄到集群上,然后运行freqchk,根据提示进行输入就行了(第一个输入的是chk文件的路径)
你也可以在windows的机子上装个vmware虚拟机,然后在虚拟的linux系统里装一个和集群上相同版本的高斯,在虚拟机里用freqchk处理chk文件。

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9楼2014-06-08 21:01:51
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yangyan19890

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送红花一朵
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9楼: Originally posted by sobereva at 2014-06-08 21:01:51
把chk文件弄到集群上,然后运行freqchk,根据提示进行输入就行了(第一个输入的是chk文件的路径)
你也可以在windows的机子上装个vmware虚拟机,然后在虚拟的linux系统里装一个和集群上相同版本的高斯,在虚拟机里 ...

大侠,我把chk文件传到集群上,cd 进入所在文件夹,然后运行freqchk工具:freqchk 文件名.chk回车
出现Write Hyperchem files? 我在后面输了no回车
出现Temperature (K)? [0=>298.15] ,在后面输入[0=>393.15]回车
出现PGFIO-F-225/list-directed read/unit=5/lexical error-- unknown token type.
File name = stdin     formatted, sequential access   record = 2
In source file freqchk.f, at line number 271
由于之前没做过这个,开始的命令是仿照构型优化的命令,也不知道运行freqchk工具的命令对不对,倒是出现一个输入温度的,但没有看到输入路径的,望大侠不要耐烦,再指导一下,谢谢!
10楼2014-06-11 14:51:55
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