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dnvcqw

新虫 (初入文坛)

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[求助] 求拟南芥U6序列已有1人参与

如题，因为实验需要需要内参，但但查到序列又不完全一致，还请有谁做过这个实验的帮个忙，先谢了！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

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1楼 2014-03-25 13:45:32

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wangyafeiy

木虫 (初入文坛)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-03-25 20:18:26
这种基因的序列确实不太好查，但是也有办法
你在NCBI Nucleotide 栏下，用U6 small nuclear RNA) AND "Arabidopsis thaliana"
6.7.8条目
6.
Arabidopsis thaliana U6-29 snRNA gene
855 bp ...

您好。核质分离RNA做定量检测时，U6可以作为核的内参，请问细胞质内参应该怎么搜索？

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4楼2018-09-26 17:34:43

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biostar2009

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【答案】应助回帖

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dnvcqw(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-03-26 09:49:41

这种基因的序列确实不太好查，但是也有办法
你在NCBI Nucleotide 栏下，用U6 small nuclear RNA) AND "Arabidopsis thaliana"
6.7.8条目
6.
Arabidopsis thaliana U6-29 snRNA gene
855 bp linear DNA
Accession: X52529.1 GI: 16518
GenBank FASTA Graphics Related Sequences
Select item 16517
7.
Arabidopsis thaliana U6-26 snRNA gene
914 bp linear DNA
Accession: X52528.1 GI: 16517
GenBank FASTA Graphics Related Sequences
Select item 16516
8.
Arabidopsis thaliana U6-1 snRNA gene
795 bp linear DNA
你再点进去看看，大小明显不对，U6 100 nt差不多了，不可能这么大
但是人家还有Ref
REFERENCE 1  (bases 257 to 648)
  AUTHORS Waibel,F. and Filipowicz,W.
  TITLE    U6 snRNA genes of Arabidopsis are transcribed by RNA polymerase III
         but contain the same two upstream promoter elements as RNA
         polymerase II-transcribed U-snRNA genes
  JOURNAL Nucleic Acids Res. 18 (12), 3451-3458 (1990)
PUBMED 2362802
你再进去看看这篇paper，八成这些序列也是他上传的
然后你就可以看见其中的缘由了
不管怎么样
U6是这样一段：
GTCCCTTCGGGGACATCCGATAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCATGGCCCCTGCGCAAGGATGACACGCATAAATCGAGAAATGGTCCAAATTTT

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