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EST序列的聚类、拼接以及纠错是怎样进行的，推荐使用那些软件？！ 已有1人参与
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各位大神们，我是一个刚刚开始进行生物信息分析实验的本科生，我需要做一个宁夏枸杞ACS基因的电子克隆，但是貌似NCBI的数据库里没有我需要的EST序列，所以只能采用同科的番茄来进行电子克隆。 但是刚刚开始就遇到了很多的问题，自己学习了和了解很多关于电子克隆的相关内容，但是很多前辈说的比较深入，使得我不明白其中的一些具体步骤的操作问题，日夜的琢磨效率总也提不起来，我实在是没办法了，好无奈啊！真心想在最后作一篇优秀论文出来，所以想到应该在此求助各位大神细心指导一下，在下真心感激，感激不尽啊！ 在提主要问题之前，先请教一下大神几个概念的区别：1、聚类与拼接的具体关系和区别；2、unigene和unigene cluster；3、电子克隆时，在选择BLAST比对检索出来的序列时，需要注意哪些指标（或者是BLAST后结果中列表里显示的各个参数“Max score、Total score、Query cover、E value、Ident、Accession”符合怎样的范围才是最能选用的序列）？ 我目前遇到的主要问题是： 1、找到一条相关的番茄ACS的EST序列，下一步是直接在NCBI的BLAST上进行相应对库检索，开始检索前，应该怎样选择检索数据库（选dbEST吗？还是默认就行？！） 找到相似度最高的一条序列之后将其与种子序列进行拼接，之后再BLAST，再拼接，直至无法再衍生，还是在拼接之前要对序列进行哪些处理呢？！ 2、有的教材上说可以通过unigene检索EST以及下载unigene cluster之类的方法又是几个意思呢？！ 3、在比对序列和构建进化树时，用MEGA6.0 应该比较合适的吧？！或者还需要其他什么软件吗？！ 4、在聚类 拼接 序列时，大神推荐个拼接软件吧！最近看的资料和教材比较多，用的都是各种不同的软件，因为没用过Linux系统，只用window系统，我试着用过DANstar 的SeqMan来拼接序列。另一方面就是前面提到的拼接前需要对序列进行处理吗？！需要做哪些处理？！聚类和拼接的区分到底分别是哪几部分操作？！ 问题有些多，没办法，实在是不得不问，不然做不出来啊！请大神多多教导啊！实在感激不尽！ 目前最主要的疑问就是上述的，还有其他问题再和各位大神求助！我想好好做一篇毕业论文，希望大家多多帮助！对所有的帮助者我都十分感谢！各位大神们，我是一个刚刚开始进行生物信息分析实验的本科生，我需要做一个宁夏枸杞ACS基因的电子克隆，但是貌似NCBI的数据库里没有我需要的EST序列，所以只能采用同科的番茄来进行电子克隆。 但是刚刚开始就遇到了很多的问题，自己学习了和了解很多关于电子克隆的相关内容，但是很多前辈说的比较深入，使得我不明白其中的一些具体步骤的操作问题，日夜的琢磨效率总也提不起来，我实在是没办法了，好无奈啊！真心想在最后作一篇优秀论文出来，所以想到应该在此求助各位大神细心指导一下，在下真心感激，感激不尽啊，我把我全部的金币都拿来作为奖励了。 在提主要问题之前，先请教一下大神几个概念的区别：1、聚类与拼接的具体关系和区别；2、unigene和unigene cluster；3、电子克隆时，在选择BLAST比对检索出来的序列时，需要注意哪些指标（或者是BLAST后结果中列表里显示的各个参数“Max score、Total score、Query cover、E value、Ident、Accession”符合怎样的范围才是最能选用的序列）？ 我目前遇到的主要问题是： 1、找到一条相关的番茄ACS的EST序列，下一步是直接在NCBI的BLAST上进行相应对库检索，开始检索前，应该怎样选择检索数据库（选dbEST吗？还是默认就行？！） 找到相似度最高的一条序列之后将其与种子序列进行拼接，之后再BLAST，再拼接，直至无法再衍生，还是在拼接之前要对序列进行哪些处理呢？！ 2、有的教材上说可以通过unigene检索EST以及下载unigene cluster之类的方法又是几个意思呢？！ 3、在比对序列和构建进化树时，用MEGA6.0 应该比较合适的吧？！或者还需要其他什么软件吗？！ 4、在聚类 拼接 序列时，大神推荐个拼接软件吧！最近看的资料和教材比较多，用的都是各种不同的软件，因为没用过Linux系统，只用window系统，我试着用过DANstar 的SeqMan来拼接序列。另一方面就是前面提到的拼接前需要对序列进行处理吗？！需要做哪些处理？！聚类和拼接的区分到底分别是哪几部分操作？！ 问题有些多，没办法，实在是不得不问，不然做不出来啊！请大神多多教导啊！实在感激不尽！ 目前最主要的疑问就是上述的，还有其他问题再和各位大神求助！我想好好做一篇毕业论文，希望大家多多帮助！对所有的帮助者我都十分感谢！ |
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