| 查看: 1080 | 回复: 1 | |||
[交流]
EST序列的聚类、拼接以及纠错是怎样进行的，推荐使用那些软件？！ 已有1人参与
|
|
各位大神们，我是一个刚刚开始进行生物信息分析实验的本科生，我需要做一个宁夏枸杞ACS基因的电子克隆，但是貌似NCBI的数据库里没有我需要的EST序列，所以只能采用同科的番茄来进行电子克隆。 但是刚刚开始就遇到了很多的问题，自己学习了和了解很多关于电子克隆的相关内容，但是很多前辈说的比较深入，使得我不明白其中的一些具体步骤的操作问题，日夜的琢磨效率总也提不起来，我实在是没办法了，好无奈啊！真心想在最后作一篇优秀论文出来，所以想到应该在此求助各位大神细心指导一下，在下真心感激，感激不尽啊！ 在提主要问题之前，先请教一下大神几个概念的区别：1、聚类与拼接的具体关系和区别；2、unigene和unigene cluster；3、电子克隆时，在选择BLAST比对检索出来的序列时，需要注意哪些指标（或者是BLAST后结果中列表里显示的各个参数“Max score、Total score、Query cover、E value、Ident、Accession”符合怎样的范围才是最能选用的序列）？ 我目前遇到的主要问题是： 1、找到一条相关的番茄ACS的EST序列，下一步是直接在NCBI的BLAST上进行相应对库检索，开始检索前，应该怎样选择检索数据库（选dbEST吗？还是默认就行？！） 找到相似度最高的一条序列之后将其与种子序列进行拼接，之后再BLAST，再拼接，直至无法再衍生，还是在拼接之前要对序列进行哪些处理呢？！ 2、有的教材上说可以通过unigene检索EST以及下载unigene cluster之类的方法又是几个意思呢？！ 3、在比对序列和构建进化树时，用MEGA6.0 应该比较合适的吧？！或者还需要其他什么软件吗？！ 4、在聚类 拼接 序列时，大神推荐个拼接软件吧！最近看的资料和教材比较多，用的都是各种不同的软件，因为没用过Linux系统，只用window系统，我试着用过DANstar 的SeqMan来拼接序列。另一方面就是前面提到的拼接前需要对序列进行处理吗？！需要做哪些处理？！聚类和拼接的区分到底分别是哪几部分操作？！ 问题有些多，没办法，实在是不得不问，不然做不出来啊！请大神多多教导啊！实在感激不尽！ 目前最主要的疑问就是上述的，还有其他问题再和各位大神求助！我想好好做一篇毕业论文，希望大家多多帮助！对所有的帮助者我都十分感谢！各位大神们，我是一个刚刚开始进行生物信息分析实验的本科生，我需要做一个宁夏枸杞ACS基因的电子克隆，但是貌似NCBI的数据库里没有我需要的EST序列，所以只能采用同科的番茄来进行电子克隆。 但是刚刚开始就遇到了很多的问题，自己学习了和了解很多关于电子克隆的相关内容，但是很多前辈说的比较深入，使得我不明白其中的一些具体步骤的操作问题，日夜的琢磨效率总也提不起来，我实在是没办法了，好无奈啊！真心想在最后作一篇优秀论文出来，所以想到应该在此求助各位大神细心指导一下，在下真心感激，感激不尽啊，我把我全部的金币都拿来作为奖励了。 在提主要问题之前，先请教一下大神几个概念的区别：1、聚类与拼接的具体关系和区别；2、unigene和unigene cluster；3、电子克隆时，在选择BLAST比对检索出来的序列时，需要注意哪些指标（或者是BLAST后结果中列表里显示的各个参数“Max score、Total score、Query cover、E value、Ident、Accession”符合怎样的范围才是最能选用的序列）？ 我目前遇到的主要问题是： 1、找到一条相关的番茄ACS的EST序列，下一步是直接在NCBI的BLAST上进行相应对库检索，开始检索前，应该怎样选择检索数据库（选dbEST吗？还是默认就行？！） 找到相似度最高的一条序列之后将其与种子序列进行拼接，之后再BLAST，再拼接，直至无法再衍生，还是在拼接之前要对序列进行哪些处理呢？！ 2、有的教材上说可以通过unigene检索EST以及下载unigene cluster之类的方法又是几个意思呢？！ 3、在比对序列和构建进化树时，用MEGA6.0 应该比较合适的吧？！或者还需要其他什么软件吗？！ 4、在聚类 拼接 序列时，大神推荐个拼接软件吧！最近看的资料和教材比较多，用的都是各种不同的软件，因为没用过Linux系统，只用window系统，我试着用过DANstar 的SeqMan来拼接序列。另一方面就是前面提到的拼接前需要对序列进行处理吗？！需要做哪些处理？！聚类和拼接的区分到底分别是哪几部分操作？！ 问题有些多，没办法，实在是不得不问，不然做不出来啊！请大神多多教导啊！实在感激不尽！ 目前最主要的疑问就是上述的，还有其他问题再和各位大神求助！我想好好做一篇毕业论文，希望大家多多帮助！对所有的帮助者我都十分感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有116人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有9人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 5‘Race验证miRNA靶点的原理
已经有40人回复
- MEGA进行聚类分析中使用的序列是什么序列？怎样获得？
已经有4人回复
- 测序得到的结果不对，不知道是比对错误，还是其他什么问题？？？
已经有3人回复
- 用Trinity进行de novo拼装
已经有16人回复
- 系统发育树如何分析，得出结论？
已经有13人回复
- 求能用的PIDCAD软件
已经有3人回复
- 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
已经有87人回复
2楼2018-05-14 19:18:25
