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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 最近在研究autodock.....怎能弄都搞不出来，求大神看看什么原因
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南湖的虫

新虫 (初入文坛)

[交流] 最近在研究autodock.....怎能弄都搞不出来，求大神看看什么原因 已有14人参与

exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Drug Design\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__
    return self.func(*args)
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3208, in guiCallback
    if hasattr(d.ligMol, 'vina_energy'):
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'

软件装的应该没有问题.....一直错弄不出来。。。。蛋疼。。。求大神解救中。。。。
谢谢！

配体和受体准备好后，调整完grid，到运行autogrid,时间很短。。。一闪就完了，没见提示success....然后docking,时间很一闪就晚了。。一直这样。。唉，不知道哪里有问题。。
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1楼 2014-03-23 04:55:45
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fyqweas

至尊木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也遇到了楼主一样的情况，也正在找寻问题根源
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

南海路7号
默默的承受这
6楼2014-04-01 10:29:25
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普通回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:01:22
看看路径是否正确，确定没有中文，若果路径没问题，重新autogrid试试
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2楼2014-03-23 09:47:57
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南湖的虫

新虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-25 20:30:23
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-03-23 09:47:57
看看路径是否正确，确定没有中文，若果路径没问题，重新autogrid试试

你好，谢谢回复····

配体和受体准备好后，调整完grid box，到运行autogrid,时间很短。。。一闪就完了，没见提示success....然后docking,时间很一闪就完了。。一直这样。。唉，不知道哪里有问题。。

就没有生成aotugrid之后那个dlg文件·····

过程中产生的文件都是放到桌面的···没有中文···
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3楼2014-03-25 06:04:57
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 南湖的虫 at 2014-03-25 06:04:57
你好，谢谢回复····

配体和受体准备好后，调整完grid box，到运行autogrid,时间很短。。。一闪就完了，没见提示success....然后docking,时间很一闪就完了。。一直这样。。唉，不知道哪里有问题。。

就没 ...

换个路径试试
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4楼2014-03-28 19:27:27
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1054950560

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-03-31 17:13:31
是不是你安装的软件和进行对接时的受体和配体不在同一个文件中，既然安装没有错，那就是没有把对接的文件放进安装的文件中。我们实验室的电脑就只有一个主文件夹，也没有分C盘D盘。估计就是这个原因。格点计算autogrid，计算时间就是很短，几秒就结束，不过它会显示进程，当时间消失就是做完了，不过对接的时候时间不会那么短的
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努力就会有回报，不管是好的还是坏的
5楼2014-03-31 16:16:19
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南湖的虫

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 1054950560 at 2014-03-31 16:16:19
是不是你安装的软件和进行对接时的受体和配体不在同一个文件中，既然安装没有错，那就是没有把对接的文件放进安装的文件中。我们实验室的电脑就只有一个主文件夹，也没有分C盘D盘。估计就是这个原因。格点计算autog ...

准备配体受体的相关文件都是放到桌面的。。。不过我的autodock软件和其它的什么都装在E盘的。。这有影响啊？
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7楼2014-04-10 07:01:37
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南湖的虫

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fyqweas at 2014-04-01 10:29:25
我也遇到了楼主一样的情况，也正在找寻问题根源

现在知道什么原因了么？？？我还是一头雾水
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8楼2014-04-10 07:05:35
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1040647937

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
同样遇到这样的问题，不知道是什么原因。
顺便求教autodock大神，拷贝进文件夹的autodock和autogrid是exe格式的吗？还是编译后产生的文件，如果是后者的话，又如何编译呢？实在搞不懂。
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林
9楼2014-04-22 10:31:17
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-22 20:35:49
引用回帖:
9楼: Originally posted by 1040647937 at 2014-04-22 10:31:17
同样遇到这样的问题，不知道是什么原因。
顺便求教autodock大神，拷贝进文件夹的autodock和autogrid是exe格式的吗？还是编译后产生的文件，如果是后者的话，又如何编译呢？实在搞不懂。

是exe格式！直接放在运行的文件夹中，直接调用就可以
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10楼2014-04-22 10:57:42
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