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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 最近在研究autodock.....怎能弄都搞不出来，求大神看看什么原因
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-22 20:35:56
本帖内容被屏蔽
11楼2014-04-22 19:04:50
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:48:11
这个问题我以前也遇到过，它是说你准备的配体还没有被赋予配体的属性的意思。配体要从Ligand->Input Ligand导入（不能Read Molecule导入，受体大分子才是Read Molecule导入），然后Selcet选项下加氢（只加极性氢）、分配电荷、指定原子类型，然后Ligand选项下指定根原子、隐藏根原子标记、确定扭转数，在Output Ligand，保存为pdbqt文件格式，才算是配体文件准备好了。再对接试试。
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我们一起
海纳百川，有容乃大
12楼2014-05-16 22:14:25
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我们一起

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
楼主，弄清楚了么？给解释下
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13楼2014-09-02 09:45:45
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我们一起

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by ynqjmzq at 2014-05-16 22:14:25
这个问题我以前也遇到过，它是说你准备的配体还没有被赋予配体的属性的意思。配体要从Ligand->Input Ligand导入（不能Read Molecule导入，受体大分子才是Read Molecule导入），然后Selcet选项下加氢（只加极性氢 ...

我用AGT是都是read molechule 然后加氢等，生成pdbqt时是choose ligand ，不是input ，最后没有问题。
但是在用PyRx做虚拟筛选是到 run autodock阶段就出现“Error parsing C:\Documents and Settings\Administrator\.mgltools\PyRx\Macromolecules\1crn\1039688_uff_E=453.26\1crn_1039688_uff_E=453.26.dlgPlease open that dlg file with a text editor and look for error messages or any other message that would give a clue as to what's wrong with the dlg.
The following is the Exception:
Docking instance has no attribute 'ligMol'”
主要是最后一句话！！！
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14楼2014-09-02 09:49:00
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几里

新虫 (初入文坛)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by 我们一起 at 2014-09-02 09:49:00
我用AGT是都是read molechule 然后加氢等，生成pdbqt时是choose ligand ，不是input ，最后没有问题。
但是在用PyRx做虚拟筛选是到 run autodock阶段就出现“Error parsing C:\Documents and Settings\Administra ...

我也遇到了同样的问题，请问您的问题是怎么解决的呢
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15楼2015-12-25 19:32:03
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593689652

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看看你安装的文件夹名称里有没有空格，比如program files中间就有一个空格，有空格会报错

发自小木虫Android客户端
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16楼2015-12-25 23:09:16
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muzilee_12

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 南湖的虫 at 2014-03-25 06:04:57
你好，谢谢回复····

配体和受体准备好后，调整完grid box，到运行autogrid,时间很短。。。一闪就完了，没见提示success....然后docking,时间很一闪就完了。。一直这样。。唉，不知道哪里有问题。。

就没 ...

肯定不能放到桌面面啊！必须新建一个文件夹，把autodrid和autodock的.exe文件及参数文件都放在一起。不放在一起的话要在最后的运行参数修改路径。
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追求潇洒的人生！
17楼2016-03-07 16:52:34
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凯斯舰长

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，我遇到了同样的一个问题，简直一模一样，我也不知道问题出现在那里。
我一开始怀疑是不是我的配体分子没有处理好，或者是格点不对，导致配体不是在活性位点那里，但是我重新处理了一下还是同样的问题
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18楼2017-03-04 16:41:40
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凯斯舰长

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
所以，楼主解决了吗，解决的话，大家讨论下呗
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南海路7号
19楼2017-03-04 16:45:46
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南海路7号

木虫 (著名写手)

大木虫
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送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by fyqweas at 2014-04-01 10:29:25
我也遇到了楼主一样的情况，也正在找寻问题根源

我也遇到了这个情况，请问您找到原因了吗？
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老老实实做实验。。。
20楼2017-12-07 22:59:10
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