应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 最近在研究autodock.....怎能弄都搞不出来，求大神看看什么原因
222/3返回列表上一页123下一页
查看: 5163  |  回复: 21
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-22 20:35:56
本帖内容被屏蔽
11楼2014-04-22 19:04:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ynqjmzq

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:48:11
这个问题我以前也遇到过，它是说你准备的配体还没有被赋予配体的属性的意思。配体要从Ligand->Input Ligand导入（不能Read Molecule导入，受体大分子才是Read Molecule导入），然后Selcet选项下加氢（只加极性氢）、分配电荷、指定原子类型，然后Ligand选项下指定根原子、隐藏根原子标记、确定扭转数，在Output Ligand，保存为pdbqt文件格式，才算是配体文件准备好了。再对接试试。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

我们一起
海纳百川，有容乃大
12楼2014-05-16 22:14:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我们一起

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
楼主，弄清楚了么？给解释下
赞一下 回复此楼
13楼2014-09-02 09:45:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我们一起

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by ynqjmzq at 2014-05-16 22:14:25
这个问题我以前也遇到过，它是说你准备的配体还没有被赋予配体的属性的意思。配体要从Ligand->Input Ligand导入（不能Read Molecule导入，受体大分子才是Read Molecule导入），然后Selcet选项下加氢（只加极性氢 ...

我用AGT是都是read molechule 然后加氢等，生成pdbqt时是choose ligand ，不是input ，最后没有问题。
但是在用PyRx做虚拟筛选是到 run autodock阶段就出现“Error parsing C:\Documents and Settings\Administrator\.mgltools\PyRx\Macromolecules\1crn\1039688_uff_E=453.26\1crn_1039688_uff_E=453.26.dlgPlease open that dlg file with a text editor and look for error messages or any other message that would give a clue as to what's wrong with the dlg.
The following is the Exception:
Docking instance has no attribute 'ligMol'”
主要是最后一句话！！！
赞一下 回复此楼
14楼2014-09-02 09:49:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

几里

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by 我们一起 at 2014-09-02 09:49:00
我用AGT是都是read molechule 然后加氢等，生成pdbqt时是choose ligand ，不是input ，最后没有问题。
但是在用PyRx做虚拟筛选是到 run autodock阶段就出现“Error parsing C:\Documents and Settings\Administra ...

我也遇到了同样的问题，请问您的问题是怎么解决的呢
赞一下 回复此楼
15楼2015-12-25 19:32:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

593689652

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看看你安装的文件夹名称里有没有空格，比如program files中间就有一个空格，有空格会报错

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
16楼2015-12-25 23:09:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muzilee_12

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 南湖的虫 at 2014-03-25 06:04:57
你好，谢谢回复····

配体和受体准备好后，调整完grid box，到运行autogrid,时间很短。。。一闪就完了，没见提示success....然后docking,时间很一闪就完了。。一直这样。。唉，不知道哪里有问题。。

就没 ...

肯定不能放到桌面面啊！必须新建一个文件夹，把autodrid和autodock的.exe文件及参数文件都放在一起。不放在一起的话要在最后的运行参数修改路径。
赞一下 回复此楼
追求潇洒的人生！
17楼2016-03-07 16:52:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凯斯舰长

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，我遇到了同样的一个问题，简直一模一样，我也不知道问题出现在那里。
我一开始怀疑是不是我的配体分子没有处理好，或者是格点不对，导致配体不是在活性位点那里，但是我重新处理了一下还是同样的问题
赞一下 回复此楼
18楼2017-03-04 16:41:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凯斯舰长

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
所以，楼主解决了吗，解决的话，大家讨论下呗
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

南海路7号
19楼2017-03-04 16:45:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

南海路7号

木虫 (著名写手)

大木虫
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by fyqweas at 2014-04-01 10:29:25
我也遇到了楼主一样的情况，也正在找寻问题根源

我也遇到了这个情况，请问您找到原因了吗？
赞一下 回复此楼
老老实实做实验。。。
20楼2017-12-07 22:59:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 南湖的虫 的主题更新
222/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:33 by 4qO8zhfjr2AX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:33 by 4qO8zhfjr2AX
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 13:51 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭