应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 最近在研究autodock.....怎能弄都搞不出来，求大神看看什么原因
51/1返回列表
查看: 5167  |  回复: 21
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

南湖的虫

新虫 (初入文坛)

[交流] 最近在研究autodock.....怎能弄都搞不出来，求大神看看什么原因 已有14人参与

exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Drug Design\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__
    return self.func(*args)
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3208, in guiCallback
    if hasattr(d.ligMol, 'vina_energy'):
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "E:\Drug Design\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'

软件装的应该没有问题.....一直错弄不出来。。。。蛋疼。。。求大神解救中。。。。
谢谢！

配体和受体准备好后，调整完grid，到运行autogrid,时间很短。。。一闪就完了，没见提示success....然后docking,时间很一闪就晚了。。一直这样。。唉，不知道哪里有问题。。
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

我们一起

» 猜你喜欢
1楼 2014-03-23 04:55:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 南湖的虫 at 2014-03-25 06:04:57
你好，谢谢回复····

配体和受体准备好后，调整完grid box，到运行autogrid,时间很短。。。一闪就完了，没见提示success....然后docking,时间很一闪就完了。。一直这样。。唉，不知道哪里有问题。。

就没 ...

换个路径试试
回复此楼
4楼2014-03-28 19:27:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 22 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:01:22
看看路径是否正确，确定没有中文，若果路径没问题，重新autogrid试试
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-23 09:47:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

南湖的虫

新虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-25 20:30:23
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-03-23 09:47:57
看看路径是否正确，确定没有中文，若果路径没问题，重新autogrid试试

你好，谢谢回复····

配体和受体准备好后，调整完grid box，到运行autogrid,时间很短。。。一闪就完了，没见提示success....然后docking,时间很一闪就完了。。一直这样。。唉，不知道哪里有问题。。

就没有生成aotugrid之后那个dlg文件·····

过程中产生的文件都是放到桌面的···没有中文···
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-25 06:04:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1054950560

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-03-31 17:13:31
是不是你安装的软件和进行对接时的受体和配体不在同一个文件中，既然安装没有错，那就是没有把对接的文件放进安装的文件中。我们实验室的电脑就只有一个主文件夹，也没有分C盘D盘。估计就是这个原因。格点计算autogrid，计算时间就是很短，几秒就结束，不过它会显示进程，当时间消失就是做完了，不过对接的时候时间不会那么短的
赞一下 回复此楼
努力就会有回报，不管是好的还是坏的
5楼2014-03-31 16:16:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 22 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 3/150 2026-08-30 02:33 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:49 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:36 by ZPa0EcMwuECS
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:34 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 01:14 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +4 tannykie 2026-08-29 4/200 2026-08-29 17:14 by lmz0216
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭