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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

[求助] 如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2

如题,想利用LAMMPS结合EPM2-m力场模拟超临界CO2
EPM2-m力场如附图
自己试着写的in文件如下,虽说可以运行,但C-O键长总是不对,不知哪位大侠帮忙解惑?
units            real
boundary         p p p
atom_style       full
atom_modify      map array
read_data        data.500CO2

pair_style       lj/charmm/coul/charmm 16.0 18.0 16.0 18.0
pair_coeff       1 1 0.0023266827 2.800
pair_coeff       1 2 0.0039798693 2.925
pair_coeff       2 2 0.0068077011 3.050
neighbor         2.5 bin
neigh_modify     every 100 delay 0 check no

fix                          1 all restrain bond 1 2 2000.0 2000.0 1.1491
thermo                          100
minimize         1.0e-6 1.0e-6 10000 10000
fix                          2 all npt temp 304.1 304.1 100.0 iso 72.8 72.8 2000.0
dump             1 all dcd 100 scCO2.dcd
dump_modify      1 unwrap yes
dump                         2 all xtc 100 scCO2.xtc
dump_modify      2 unwrap yes
thermo                          100
timestep         0.1    # fs
run              1000    # 50 ps

如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2
EPM2-m.jpg
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浪费223

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by xujc1983 at 2016-07-08 11:01:08
说实话,我也忘记了...

楼主的势函数有问题,charmm是描述高聚物,一般用在生物大分子上。不知道楼主当初为什么这样选,不理解,搞不懂。另外EPM-2到底选用哪个势函数,有没有大佬晓得 ?、如果还有其他适合CO2的势函数,望告知
13楼2020-03-17 19:06:53
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查看全部 13 个回答

jiezhou5322

银虫 (正式写手)

楼主你的问题解决了吗,lammps下怎样编辑力场呢?
每个人只能陪你走一段路程
3楼2016-03-22 16:07:04
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匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
4楼2016-07-07 15:37:37
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

引用回帖:
4楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-07-07 15:37:37
楼主,您好。EPM2模型里已经显示键长是1.149埃米了啊,你是怎么知道键长不对的?我看到你的文件里没有键能参数,请问bond_style 选harmonic的话,键能参数是多少呢?这个力场的文章上我没找到。

bond_style       harmonic
angle_style      harmonic
pair_style       lj/charmm/coul/charmm 16.0 18.0 16.0 18.0
bond_coeff       1 2000.0 1.1491     # CO2:C-O
angle_coeff      1 147.75 174.2      # CO2:O-C-O
pair_coeff       1 1 0.055852 2.757  # CO2:C-C
pair_coeff       1 2 0.094489 2.892  # CO2:C-O
pair_coeff       2 2 0.159852 3.033  # CO2:O-O
5楼2016-07-07 16:42:10
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