24小时热门版块排行榜    

查看: 3826  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

[求助] 如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2

如题,想利用LAMMPS结合EPM2-m力场模拟超临界CO2
EPM2-m力场如附图
自己试着写的in文件如下,虽说可以运行,但C-O键长总是不对,不知哪位大侠帮忙解惑?
units            real
boundary         p p p
atom_style       full
atom_modify      map array
read_data        data.500CO2

pair_style       lj/charmm/coul/charmm 16.0 18.0 16.0 18.0
pair_coeff       1 1 0.0023266827 2.800
pair_coeff       1 2 0.0039798693 2.925
pair_coeff       2 2 0.0068077011 3.050
neighbor         2.5 bin
neigh_modify     every 100 delay 0 check no

fix                          1 all restrain bond 1 2 2000.0 2000.0 1.1491
thermo                          100
minimize         1.0e-6 1.0e-6 10000 10000
fix                          2 all npt temp 304.1 304.1 100.0 iso 72.8 72.8 2000.0
dump             1 all dcd 100 scCO2.dcd
dump_modify      1 unwrap yes
dump                         2 all xtc 100 scCO2.xtc
dump_modify      2 unwrap yes
thermo                          100
timestep         0.1    # fs
run              1000    # 50 ps

如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2
EPM2-m.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

浪费223

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by xujc1983 at 2016-07-08 11:01:08
说实话,我也忘记了...

楼主的势函数有问题,charmm是描述高聚物,一般用在生物大分子上。不知道楼主当初为什么这样选,不理解,搞不懂。另外EPM-2到底选用哪个势函数,有没有大佬晓得 ?、如果还有其他适合CO2的势函数,望告知
13楼2020-03-17 19:06:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

jiezhou5322

银虫 (正式写手)

楼主你的问题解决了吗,lammps下怎样编辑力场呢?
每个人只能陪你走一段路程
3楼2016-03-22 16:07:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
4楼2016-07-07 15:37:37
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

引用回帖:
4楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-07-07 15:37:37
楼主,您好。EPM2模型里已经显示键长是1.149埃米了啊,你是怎么知道键长不对的?我看到你的文件里没有键能参数,请问bond_style 选harmonic的话,键能参数是多少呢?这个力场的文章上我没找到。

bond_style       harmonic
angle_style      harmonic
pair_style       lj/charmm/coul/charmm 16.0 18.0 16.0 18.0
bond_coeff       1 2000.0 1.1491     # CO2:C-O
angle_coeff      1 147.75 174.2      # CO2:O-C-O
pair_coeff       1 1 0.055852 2.757  # CO2:C-C
pair_coeff       1 2 0.094489 2.892  # CO2:C-O
pair_coeff       2 2 0.159852 3.033  # CO2:O-O
5楼2016-07-07 16:42:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 4/200 2026-09-01 01:30 by o3EMxHUAQDtS
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:23 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见