24小时热门版块排行榜    

查看: 3725  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

[求助] 如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2

如题,想利用LAMMPS结合EPM2-m力场模拟超临界CO2
EPM2-m力场如附图
自己试着写的in文件如下,虽说可以运行,但C-O键长总是不对,不知哪位大侠帮忙解惑?
units            real
boundary         p p p
atom_style       full
atom_modify      map array
read_data        data.500CO2

pair_style       lj/charmm/coul/charmm 16.0 18.0 16.0 18.0
pair_coeff       1 1 0.0023266827 2.800
pair_coeff       1 2 0.0039798693 2.925
pair_coeff       2 2 0.0068077011 3.050
neighbor         2.5 bin
neigh_modify     every 100 delay 0 check no

fix                          1 all restrain bond 1 2 2000.0 2000.0 1.1491
thermo                          100
minimize         1.0e-6 1.0e-6 10000 10000
fix                          2 all npt temp 304.1 304.1 100.0 iso 72.8 72.8 2000.0
dump             1 all dcd 100 scCO2.dcd
dump_modify      1 unwrap yes
dump                         2 all xtc 100 scCO2.xtc
dump_modify      2 unwrap yes
thermo                          100
timestep         0.1    # fs
run              1000    # 50 ps

如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2
EPM2-m.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiezhou5322

银虫 (正式写手)

楼主你的问题解决了吗,lammps下怎样编辑力场呢?
每个人只能陪你走一段路程
3楼2016-03-22 16:07:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
4楼2016-07-07 15:37:37
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

引用回帖:
4楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-07-07 15:37:37
楼主,您好。EPM2模型里已经显示键长是1.149埃米了啊,你是怎么知道键长不对的?我看到你的文件里没有键能参数,请问bond_style 选harmonic的话,键能参数是多少呢?这个力场的文章上我没找到。

bond_style       harmonic
angle_style      harmonic
pair_style       lj/charmm/coul/charmm 16.0 18.0 16.0 18.0
bond_coeff       1 2000.0 1.1491     # CO2:C-O
angle_coeff      1 147.75 174.2      # CO2:O-C-O
pair_coeff       1 1 0.055852 2.757  # CO2:C-C
pair_coeff       1 2 0.094489 2.892  # CO2:C-O
pair_coeff       2 2 0.159852 3.033  # CO2:O-O
5楼2016-07-07 16:42:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
6楼2016-07-08 01:11:47
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +11 且听虎啸 2026-08-07 14/700 2026-08-08 12:50 by 布布和一二
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +4 a089 2026-08-07 4/200 2026-08-08 12:15 by arzu_hma
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 10:19 by 3OOjAIS77qg2
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 5/250 2026-08-08 08:59 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 4/200 2026-08-08 08:21 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[论文投稿] 十年后又回来了,论文投稿求助 +4 哈哈114477 2026-08-01 4/200 2026-08-07 14:39 by jgy194592
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +4 yang182083 2026-08-06 6/300 2026-08-07 12:43 by 虫友是什么虫
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 什么时候能放榜呀? +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
请填处理意见