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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

[求助] 如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2

如题，想利用LAMMPS结合EPM2-m力场模拟超临界CO2
EPM2-m力场如附图
自己试着写的in文件如下，虽说可以运行，但C-O键长总是不对，不知哪位大侠帮忙解惑？
units            real
boundary         p p p
atom_style       full
atom_modify      map array
read_data        data.500CO2

pair_style       lj/charmm/coul/charmm 16.0 18.0 16.0 18.0
pair_coeff       1 1 0.0023266827 2.800
pair_coeff       1 2 0.0039798693 2.925
pair_coeff       2 2 0.0068077011 3.050
neighbor         2.5 bin
neigh_modify     every 100 delay 0 check no

fix                          1 all restrain bond 1 2 2000.0 2000.0 1.1491
thermo                          100
minimize         1.0e-6 1.0e-6 10000 10000
fix                          2 all npt temp 304.1 304.1 100.0 iso 72.8 72.8 2000.0
dump             1 all dcd 100 scCO2.dcd
dump_modify      1 unwrap yes
dump                         2 all xtc 100 scCO2.xtc
dump_modify      2 unwrap yes
thermo                          100
timestep         0.1    # fs
run              1000    # 50 ps

如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2
EPM2-m.jpg
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1楼 2014-03-21 09:36:46
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安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*
帮顶
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That'sit! Justdoit!
2楼2014-03-27 09:56:23
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jiezhou5322

银虫 (正式写手)
楼主你的问题解决了吗，lammps下怎样编辑力场呢？
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每个人只能陪你走一段路程
3楼2016-03-22 16:07:04
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匿名

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4楼2016-07-07 15:37:37
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
4楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-07-07 15:37:37
楼主，您好。EPM2模型里已经显示键长是1.149埃米了啊，你是怎么知道键长不对的？我看到你的文件里没有键能参数，请问bond_style 选harmonic的话，键能参数是多少呢？这个力场的文章上我没找到。

bond_style       harmonic
angle_style      harmonic
pair_style       lj/charmm/coul/charmm 16.0 18.0 16.0 18.0
bond_coeff       1 2000.0 1.1491     # CO2:C-O
angle_coeff      1 147.75 174.2      # CO2:O-C-O
pair_coeff       1 1 0.055852 2.757  # CO2:C-C
pair_coeff       1 2 0.094489 2.892  # CO2:C-O
pair_coeff       2 2 0.159852 3.033  # CO2:O-O
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5楼2016-07-07 16:42:10
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匿名

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6楼2016-07-08 01:11:47
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
6楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-07-08 01:11:47
请问为什么用Charmn呢？我用的Lj/cut/Coul/Long？因为看文章提到这个力场用的Lj12—6
...

说实话，我也忘记了
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7楼2016-07-08 11:01:08
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匿名

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8楼2016-07-12 17:12:16
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
8楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-07-12 17:12:16
那请问您用这些参数做出来了吗？最初的EPM2模型中C-C/KB的单位是K，这个是什么意思呢？...

应该就是对照EPM2力场的那篇文献做的
KB不是玻尔兹曼常数嘛，所以能量可以借此用温度K表示
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9楼2016-07-13 09:14:14
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cuso4852cuoh

新虫 (小有名气)
请问楼主，完整的建模是什么啊？你这个命令不能读入lammps里面啊，求大神告知哈
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10楼2018-10-16 20:17:42
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