24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 3525  |  回复: 12

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

[求助] 如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2

如题,想利用LAMMPS结合EPM2-m力场模拟超临界CO2
EPM2-m力场如附图
自己试着写的in文件如下,虽说可以运行,但C-O键长总是不对,不知哪位大侠帮忙解惑?
units            real
boundary         p p p
atom_style       full
atom_modify      map array
read_data        data.500CO2

pair_style       lj/charmm/coul/charmm 16.0 18.0 16.0 18.0
pair_coeff       1 1 0.0023266827 2.800
pair_coeff       1 2 0.0039798693 2.925
pair_coeff       2 2 0.0068077011 3.050
neighbor         2.5 bin
neigh_modify     every 100 delay 0 check no

fix                          1 all restrain bond 1 2 2000.0 2000.0 1.1491
thermo                          100
minimize         1.0e-6 1.0e-6 10000 10000
fix                          2 all npt temp 304.1 304.1 100.0 iso 72.8 72.8 2000.0
dump             1 all dcd 100 scCO2.dcd
dump_modify      1 unwrap yes
dump                         2 all xtc 100 scCO2.xtc
dump_modify      2 unwrap yes
thermo                          100
timestep         0.1    # fs
run              1000    # 50 ps

如何在LAMMPS中利用EPM2-m力场描述超临界CO2
EPM2-m.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

That'sit! Justdoit!
2楼2014-03-27 09:56:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiezhou5322

银虫 (正式写手)

楼主你的问题解决了吗,lammps下怎样编辑力场呢?
每个人只能陪你走一段路程
3楼2016-03-22 16:07:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
4楼2016-07-07 15:37:37
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

引用回帖:
4楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-07-07 15:37:37
楼主,您好。EPM2模型里已经显示键长是1.149埃米了啊,你是怎么知道键长不对的?我看到你的文件里没有键能参数,请问bond_style 选harmonic的话,键能参数是多少呢?这个力场的文章上我没找到。

bond_style       harmonic
angle_style      harmonic
pair_style       lj/charmm/coul/charmm 16.0 18.0 16.0 18.0
bond_coeff       1 2000.0 1.1491     # CO2:C-O
angle_coeff      1 147.75 174.2      # CO2:O-C-O
pair_coeff       1 1 0.055852 2.757  # CO2:C-C
pair_coeff       1 2 0.094489 2.892  # CO2:C-O
pair_coeff       2 2 0.159852 3.033  # CO2:O-O
5楼2016-07-07 16:42:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
6楼2016-07-08 01:11:47
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

引用回帖:
6楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-07-08 01:11:47
请问为什么用Charmn呢?我用的Lj/cut/Coul/Long?因为看文章提到这个力场用的Lj12—6
...

说实话,我也忘记了
7楼2016-07-08 11:01:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
8楼2016-07-12 17:12:16
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

引用回帖:
8楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-07-12 17:12:16
那请问您用这些参数做出来了吗?最初的EPM2模型中C-C/KB的单位是K,这个是什么意思呢?...

应该就是对照EPM2力场的那篇文献做的
KB不是玻尔兹曼常数嘛,所以能量可以借此用温度K表示
9楼2016-07-13 09:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cuso4852cuoh

新虫 (小有名气)

请问楼主,完整的建模是什么啊?你这个命令不能读入lammps里面啊,求大神告知哈
10楼2018-10-16 20:17:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xujc1983 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 复试调剂 +18 积极向上; 2026-04-10 20/1000 2026-04-14 16:11 by zs92450
[考研] 366求调剂 +11 不知名的小卅 2026-04-11 11/550 2026-04-14 15:50 by zs92450
[考研] 290求调剂 +21 luoziheng 2026-04-10 23/1150 2026-04-14 15:49 by zs92450
[考研] 本科西工大 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-13 23:08 by pies112
[考研] 求调剂,985材料与化工348分 +9 涵竹刘 2026-04-11 14/700 2026-04-13 22:26 by 涵竹刘
[考研] 2026硕士调剂_能动_河南农业大学 +4 河南农业大学-能 2026-04-12 4/200 2026-04-13 22:01 by bljnqdcc
[考研] 求调剂288 +7 ioodiiij 2026-04-10 9/450 2026-04-13 08:33 by Hayaay
[考研] +10 李多米lee. 2026-04-12 11/550 2026-04-12 22:58 by yuyin1233
[考研] 339求调剂 +8 hanwudada 2026-04-11 9/450 2026-04-12 15:36 by laoshidan
[考研] 电子信息279求调剂,有书读就行 +8 wwwooden 2026-04-08 11/550 2026-04-11 20:22 by cq2548
[考研] 一志愿985机械学硕380求调剂 +5 关关雎鸠10 2026-04-11 5/250 2026-04-11 10:10 by 知念。A
[考研] 311求调剂 +13 xyp想读书 2026-04-10 14/700 2026-04-11 09:41 by 猪会飞
[考研] 化学工程与技术324调剂 +23 孙常华 2026-04-09 25/1250 2026-04-11 00:07 by 骑牛渡寒江
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +3 加大号饭盒袋 2026-04-10 3/150 2026-04-10 22:23 by 286640313
[考研] 282,电气工程专业,求调剂,不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
[考研] 求调剂 材料与工程 324分 专硕 +19 翩翩一书生 2026-04-10 21/1050 2026-04-10 11:41 by wp06
[考研] 江苏大学 工科调剂 捡漏 +3 Evan_Liu 2026-04-09 5/250 2026-04-10 10:22 by Evan_Liu
[考研] 已调剂 +18 柴郡猫_ 2026-04-09 19/950 2026-04-09 22:10 by 柴郡猫_
[考研] 求调剂材料科学与工程一志愿985初试365分 +5 材化李可 2026-04-08 5/250 2026-04-09 17:00 by Lilly_Li
[考研] 招收有机化学、化工,药学,食品灯专业学生 +3 yrfhjgdj 2026-04-08 3/150 2026-04-09 10:15 by QYQX_123
信息提示
请填处理意见