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cumt111银虫 (小有名气)
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[求助]
帮忙用导出的高岭石结构的cif文件画出用于gaussian优化的结构，紧急已有2人参与
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| 在网上数据库下了高岭石晶体结构的cif文件，想用gaussian优化结构后计算与药剂分子的作用，然后下载了Mercury 3.3转成了gaussian能打开的文件，但是优化一直出错，才发现可能导出的晶体结构可能不完整，但是由于时间原因和专业知识所限，我也不会调整这个，恳请哪位大侠能否帮我画出这个结果？万分感谢！ |
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 粘土矿物材料 |
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cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
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【答案】应助回帖
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cumt111: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-03-17 13:27:55
cumt111: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-03-17 13:27:55
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crystal程序内置了从头算和DFT方法，可以对晶体结构，电子结构等性质研究。 软件下载地址：http://www.crystal.unito.it/index.php，教程也有，小木虫也可以搜下。 我在发一篇中文sci给你看下，给我你的邮箱。 此外：你还可以使用material studios软件，用castep模块。导入该晶胞结构，然后用DFT跑动力学计算相互作用。 如果不是非要DFT方法，还可以借助动力学模拟。采用该软件的discover或者forcite模块，进行动力学来计算相互作用。 |
8楼2014-03-17 13:08:30
cumt111
银虫 (小有名气)
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补充一下原子坐标： 0 2 Al 1.28700000 1.48960000 0.00000000 Si -0.56439395 4.28359151 3.18857757 Si -0.25415311 1.53772664 2.80891826 O -0.90651793 4.16295527 1.61956953 O -0.66173720 1.99646163 1.32001747 O -0.21863681 2.82468689 3.77631686 O 0.70289298 5.25696536 3.38836579 O 1.20098430 0.84848244 2.77882320 Al 3.86100000 2.97040000 0.00000000 O 2.14160000 2.97040000 1.08720000 O 0.43240000 0.00000000 -1.08720000 O 0.43240000 2.97040000 -1.08720000 O 3.00640000 1.48960000 -1.08720000 Al -1.28700000 5.94960000 0.00000000 Si 1.99970613 0.71419826 1.38691826 Si 1.41030130 5.93087449 2.10820638 O 4.71559999 4.46000004 1.08719998 O 2.79842672 0.57991522 -0.00498750 O 4.71560000 1.48960000 1.08720000 O -1.33722273 0.48127559 3.36051552 O -1.83531405 4.88975851 3.97005811 Al -1.28700000 2.97040000 0.00000000 Al 1.28700000 -1.48960000 0.00000000 O 3.00640000 4.46000000 -1.08720000 O 5.58040002 2.97040001 -1.08720004 H 4.15136145 4.67579841 1.83330047 H 4.15171812 1.27445267 1.83375800 H -1.23917441 0.10802386 4.23953183 H -1.79481384 5.02585090 4.91949931 H 2.17306871 4.71324031 -0.68343235 H 6.20733530 3.58221107 -0.69446684 |
2楼2014-03-16 11:10:13
sxm2012
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3楼2014-03-16 11:23:28
cumt111
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4楼2014-03-16 11:25:59