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cumt111

银虫 (小有名气)

[求助] 帮忙用导出的高岭石结构的cif文件画出用于gaussian优化的结构,紧急 已有2人参与

在网上数据库下了高岭石晶体结构的cif文件,想用gaussian优化结构后计算与药剂分子的作用,然后下载了Mercury 3.3转成了gaussian能打开的文件,但是优化一直出错,才发现可能导出的晶体结构可能不完整,但是由于时间原因和专业知识所限,我也不会调整这个,恳请哪位大侠能否帮我画出这个结果?万分感谢!
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cumt111

银虫 (小有名气)

补充一下原子坐标:

0 2
Al                 1.28700000    1.48960000    0.00000000
Si                -0.56439395    4.28359151    3.18857757
Si                -0.25415311    1.53772664    2.80891826
O                 -0.90651793    4.16295527    1.61956953
O                 -0.66173720    1.99646163    1.32001747
O                 -0.21863681    2.82468689    3.77631686
O                  0.70289298    5.25696536    3.38836579
O                  1.20098430    0.84848244    2.77882320
Al                 3.86100000    2.97040000    0.00000000
O                  2.14160000    2.97040000    1.08720000
O                  0.43240000    0.00000000   -1.08720000
O                  0.43240000    2.97040000   -1.08720000
O                  3.00640000    1.48960000   -1.08720000
Al                -1.28700000    5.94960000    0.00000000
Si                 1.99970613    0.71419826    1.38691826
Si                 1.41030130    5.93087449    2.10820638
O                  4.71559999    4.46000004    1.08719998
O                  2.79842672    0.57991522   -0.00498750
O                  4.71560000    1.48960000    1.08720000
O                 -1.33722273    0.48127559    3.36051552
O                 -1.83531405    4.88975851    3.97005811
Al                -1.28700000    2.97040000    0.00000000
Al                 1.28700000   -1.48960000    0.00000000
O                  3.00640000    4.46000000   -1.08720000
O                  5.58040002    2.97040001   -1.08720004
H                  4.15136145    4.67579841    1.83330047
H                  4.15171812    1.27445267    1.83375800
H                 -1.23917441    0.10802386    4.23953183
H                 -1.79481384    5.02585090    4.91949931
H                  2.17306871    4.71324031   -0.68343235
H                  6.20733530    3.58221107   -0.69446684
2楼2014-03-16 11:10:13
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sxm2012

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cumt111: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-03-16 11:24:52
gview可以打开.cif文件,然后转换成.gjf文件,就可以用gaussian优化了!
3楼2014-03-16 11:23:28
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cumt111

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sxm2012 at 2014-03-16 11:23:28
gview可以打开.cif文件,然后转换成.gjf文件,就可以用gaussian优化了!

会不会出现优化不出来的情况?
4楼2014-03-16 11:25:59
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sxm2012

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cumt111 at 2014-03-16 11:25:59
会不会出现优化不出来的情况?...

先结构优化试试看!
5楼2014-03-16 13:14:19
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cumt111

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by sxm2012 at 2014-03-16 13:14:19
先结构优化试试看!...

正在gaussian里面优化,求大神别消失啊,出现问题我需要大侠的帮助!
6楼2014-03-16 13:26:50
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cumt111: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-03-17 08:44:40
也可以用crystal软件,里面有DFT算法,可以优化晶胞,也可以计算相互作用能
7楼2014-03-17 08:12:14
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
cumt111: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-03-17 13:27:55
crystal程序内置了从头算和DFT方法,可以对晶体结构,电子结构等性质研究。
软件下载地址:http://www.crystal.unito.it/index.php,教程也有,小木虫也可以搜下。
我在发一篇中文sci给你看下,给我你的邮箱。

此外:你还可以使用material studios软件,用castep模块。导入该晶胞结构,然后用DFT跑动力学计算相互作用。
如果不是非要DFT方法,还可以借助动力学模拟。采用该软件的discover或者forcite模块,进行动力学来计算相互作用。
8楼2014-03-17 13:08:30
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