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linshangyan

铁虫 (小有名气)

[求助] 帮忙分析下这个质谱图 已有3人参与

MALDI -TOF一级与二级质谱条件如下:
        将0.5μl多肽溶液与等体积基质(CHCA)溶液在384孔靶板上混合,室温下自然干燥,采用正离子模式、反射式飞行时间方式检测,采用肌红蛋白(Myoglobin)的标准胰蛋白酶酶解肤段做外标校正,质量误差小于 50ppm,加速电压20kV,激光源为波长 355nm、脉冲200Hz的Nd:YAG固体紫外激光器。采集质谱(MS)图条件:一级质谱扫描范围300-3000Da,每张谱图累加1000个 LaserShots;串联质谱(MS/MS)条件:碰撞电压 1kV,每张谱图累加2000个 LaserShots,在上述各主要参数固定的前提下,分别改变激光强度和碰撞室碰撞气体气压,获得一系列串联质谱图。

帮忙分析下这个质谱图
一级.JPG


帮忙分析下这个质谱图-1
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organicsuper

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这图没啥可分析的,激光强度只会改变电离物质的浓度,也就是NL的数量,离子流强度,基本不会改变结构。碰撞才是使分子的键断裂的原应。碰撞的能量越强碎片越多,目标分子被打碎的越彻底!
4楼2014-03-27 23:13:27
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organicsuper

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

选中母离子,才有可能分析序列,人家分析序列都是用酶切然后用质谱!
6楼2014-03-28 22:48:59
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dnp

荣誉版主 (知名作家)

小木虫浪子

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【答案】应助回帖

分析多肽序列有很多方法,包括de novo,蛋白质序列库搜索,还有质谱库搜索,这些你可以多多查资料,多肽定性有非常多的文章讲了,还有很多免费的软件网上都有,你按照自己的需要下载一个使用就可以了。单单看图很难分析出来。
What would Jesus do?
8楼2014-05-16 11:09:33
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dnp

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小木虫浪子

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引用回帖:
9楼: Originally posted by linshangyan at 2014-05-19 10:59:14
没搜出序列
...

你的结果还有你的样本信息是什么?
What would Jesus do?
10楼2014-05-19 12:36:40
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dnp

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小木虫浪子

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引用回帖:
11楼: Originally posted by linshangyan at 2014-07-09 17:25:42
牛肝脏提取的经胰蛋白酶水解的多肽物质。结果就只有图谱了。...

你用的什么方法搜索?或者什么软件搜索?
所使用的蛋白质序列库是什么?
所得到的结果又是什么?即所得到的匹配得分还有对应的蛋白质是什么?
这些都要仔细考察才能够判断这个质谱的定性结果
建议还是多看一些文章
What would Jesus do?
12楼2014-07-09 21:51:28
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dnp

荣誉版主 (知名作家)

小木虫浪子

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引用回帖:
13楼: Originally posted by yan2001j at 2014-12-27 22:29:06
从哪里可以搜序列?多谢...

http://www.matrixscience.com/cgi ... &SEARCH=MIS
What would Jesus do?
14楼2015-01-05 21:48:33
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李长兵

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

分析啥啊?都没看懂你的问题
2楼2014-03-19 15:32:06
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linshangyan

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 李长兵 at 2014-03-19 15:32:06
分析啥啊?都没看懂你的问题

多肽序列

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-03-19 16:20:49
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linshangyan

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by organicsuper at 2014-03-27 23:13:27
这图没啥可分析的,激光强度只会改变电离物质的浓度,也就是NL的数量,离子流强度,基本不会改变结构。碰撞才是使分子的键断裂的原应。碰撞的能量越强碎片越多,目标分子被打碎的越彻底!

如果是多肽,二级图不能分析下序列么?

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2014-03-28 05:49:40
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linshangyan

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by organicsuper at 2014-03-28 22:48:59
选中母离子,才有可能分析序列,人家分析序列都是用酶切然后用质谱!

我也差不多是酶切的啊,母离子656啊!!图上不是有么?

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2014-03-29 18:07:55
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linshangyan

铁虫 (小有名气)

内容已删除
9楼2014-05-19 10:59:14
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