应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [求助]如何为autodock4准备配体和受体文件
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 1110  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

xufund

至尊木虫 (知名作家)

[交流] [求助]如何为autodock4准备配体和受体文件

请问如何为autodock4准备配体和受体文件？看了论坛里的帖子，楞是没明白,好多命令我在ADT里没有找到呀。另外我从PDB下载的复合物文件是个二聚体，应该如何操作？我刚开始学习autodock,希望能与大家多交流。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-02-16 21:51:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

AutoDock的使用指导（中文，格式清楚）

★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=710944
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-02-16 22:32:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
引用回帖:
Originally posted by xufund at 2008-2-16 21:51:
PDB下载的复合物文件是个二聚体

可以使用Accelrys Discovery Studio Visualizer
简称DS Visualizer
免费的（需要注册，也是免费）

www.accelrys.com
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2008-02-16 22:34:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weishenme

金虫 (小有名气)
什么命令没有啊？
你是要做blind docking 还是已知结合位点？
赞一下 回复此楼
4楼2008-02-17 20:23:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xufund

至尊木虫 (知名作家)
我刚开始学习，先从已知结合位点的做吧。
赞一下 回复此楼
5楼2008-02-17 21:34:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weishenme

金虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
如果结合位点在二聚体界面处，那就用二聚体做对接。如果不是在界面上，提取其中的一个做就行了，用两个也可以，反正你知道结合位点。
不知道你用ADT存在什么问题，所以也就不知道怎么回答了。
赞一下(10人) 回复此楼
6楼2008-02-18 12:26:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yelverxm

金虫 (小有名气)
看来，你已经装上了哦，呵呵，真是不好意思哦
赞一下 回复此楼
In God we trust
7楼2008-02-25 23:58:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

litsleppy

银虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
还是去下载一个ADT4的详细教程自己照着做一遍就好了。
配体可以用chemdraw画好,用chem3D转换成你需要的格式，如pdb、mol2等。再用进行处理。
关于下载的蛋白，你可以用sybyl删去里面的配体和其中一个单体。再进行对接操作。
新人，多多交流啊~
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2008-02-27 10:17:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
引用回帖:
Originally posted by litsleppy at 2008-2-27 10:17:
新人，多多交流啊~

只见新人笑
未听旧人哭
赞一下 回复此楼
9楼2008-02-27 10:30:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xufund

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by litsleppy at 2008-2-27 10:17:
还是去下载一个ADT4的详细教程自己照着做一遍就好了。
配体可以用chemdraw画好,用chem3D转换成你需要的格式，如pdb、mol2等。再用进行处理。
关于下载的蛋白，你可以用sybyl删去里面的配体和其中一个单体。再进 ...

教程里并没有介绍如何把二聚体蛋白解聚成一个蛋白。我要做的结合区不在二聚体的界面。还有我没有SYBYL软件如何做？
赞一下 回复此楼
10楼2008-02-28 20:26:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xufund 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 工科求调剂 +13 11ggg 2026-04-03 13/650 2026-04-05 05:26 by houyaoxu
[考研] 0855求调剂材料 +6 红桃灼灼 2026-04-04 6/300 2026-04-04 23:35 by 果冻大王
[考研] 286求调剂 +3 草木不言 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:40 by lbsjt
[考研] 求调剂 一志愿西南交通大学085701环境工程 282分 +5 多多爱吃汉堡 2026-04-04 5/250 2026-04-04 22:14 by 啵啵啵0119
[考研] 0703化学调剂325分 +7 15771691647 2026-04-04 7/350 2026-04-04 20:45 by 蓝云思雨
[考研] 329求调剂 +13 miaodesi 2026-04-02 15/750 2026-04-04 18:14 by jj987
[考研] 一志愿武理材料工程302调剂环化或化工 +19 Doleres 2026-03-31 20/1000 2026-04-04 16:44 by 啊俊！
[考研] 求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319 +21 678lucky 2026-03-31 26/1300 2026-04-04 16:22 by dongzh2009
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +9 hanamiko 2026-03-30 9/450 2026-04-04 11:04 by 猪会飞
[考研] 334求调剂 +9 Trying] 2026-03-31 9/450 2026-04-03 15:18 by 琢珥丶
[考研] 调剂求助 +8 想换手机不想解� 2026-04-02 11/550 2026-04-03 14:16 by 星空星月
[考研] 一志愿北京科技大学材料学硕328分求调剂 +6 1段时间 2026-03-31 7/350 2026-04-02 13:57 by 3041
[考研] 一志愿346上海大学生物学 +3 上海大学346调剂 2026-04-01 3/150 2026-04-02 08:36 by w虫虫123
[考研] 349求调剂 +6 吃的不少 2026-04-01 6/300 2026-04-01 17:55 by JYD2011
[考研] 材料专业调剂 +5 啦啦啦哭 2026-03-31 6/300 2026-04-01 16:48 by JourneyLucky
[考研] 339求调剂 +5 zjjkt 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:18 by JourneyLucky
[考研] 340求调剂 +4 希望如此i 2026-03-31 4/200 2026-03-31 16:40 by 690616278
[考研] 吉大生物学326分求调剂 +3 sunnyupup 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:28 by longlotian
[考研] 279求调剂 +12 j的立方 2026-03-29 12/600 2026-03-30 20:30 by dick_runner
[考研] 一志愿双一流机械285分求调剂 +4 幸运的三木 2026-03-29 5/250 2026-03-29 14:49 by Miko19
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭