24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1045  |  回复: 12
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xufund

至尊木虫 (知名作家)

[交流] [求助]如何为autodock4准备配体和受体文件

请问如何为autodock4准备配体和受体文件?看了论坛里的帖子,楞是没明白,好多命令我在ADT里没有找到呀。另外我从PDB下载的复合物文件是个二聚体,应该如何操作?我刚开始学习autodock,希望能与大家多交流。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weishenme

金虫 (小有名气)

什么命令没有啊?
你是要做blind docking 还是已知结合位点?
4楼2008-02-17 20:23:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weishenme

金虫 (小有名气)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
如果结合位点在二聚体界面处,那就用二聚体做对接。如果不是在界面上,提取其中的一个做就行了,用两个也可以,反正你知道结合位点。
不知道你用ADT存在什么问题,所以也就不知道怎么回答了。
6楼2008-02-18 12:26:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weishenme

金虫 (小有名气)


lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
引用回帖:
Originally posted by xufund at 2008-2-28 20:26:

教程里并没有介绍如何把二聚体蛋白解聚成一个蛋白。我要做的结合区不在二聚体的界面。还有我没有SYBYL软件如何做?

直接用vi等文本编辑器打开删。
12楼2008-03-11 10:21:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xufund 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见