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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [求助]如何为autodock4准备配体和受体文件
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xufund

至尊木虫 (知名作家)

[交流] [求助]如何为autodock4准备配体和受体文件

请问如何为autodock4准备配体和受体文件？看了论坛里的帖子，楞是没明白,好多命令我在ADT里没有找到呀。另外我从PDB下载的复合物文件是个二聚体，应该如何操作？我刚开始学习autodock,希望能与大家多交流。
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1楼 2008-02-16 21:51:00
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

AutoDock的使用指导（中文，格式清楚）

★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=710944
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2楼2008-02-16 22:32:12
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
引用回帖:
Originally posted by xufund at 2008-2-16 21:51:
PDB下载的复合物文件是个二聚体

可以使用Accelrys Discovery Studio Visualizer
简称DS Visualizer
免费的（需要注册，也是免费）

www.accelrys.com
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3楼2008-02-16 22:34:36
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weishenme

金虫 (小有名气)
什么命令没有啊？
你是要做blind docking 还是已知结合位点？
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4楼2008-02-17 20:23:38
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
我刚开始学习，先从已知结合位点的做吧。
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5楼2008-02-17 21:34:00
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weishenme

金虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
如果结合位点在二聚体界面处，那就用二聚体做对接。如果不是在界面上，提取其中的一个做就行了，用两个也可以，反正你知道结合位点。
不知道你用ADT存在什么问题，所以也就不知道怎么回答了。
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6楼2008-02-18 12:26:08
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yelverxm

金虫 (小有名气)
看来，你已经装上了哦，呵呵，真是不好意思哦
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In God we trust
7楼2008-02-25 23:58:44
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litsleppy

银虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
还是去下载一个ADT4的详细教程自己照着做一遍就好了。
配体可以用chemdraw画好,用chem3D转换成你需要的格式，如pdb、mol2等。再用进行处理。
关于下载的蛋白，你可以用sybyl删去里面的配体和其中一个单体。再进行对接操作。
新人，多多交流啊~
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8楼2008-02-27 10:17:31
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
引用回帖:
Originally posted by litsleppy at 2008-2-27 10:17:
新人，多多交流啊~

只见新人笑
未听旧人哭
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9楼2008-02-27 10:30:27
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by litsleppy at 2008-2-27 10:17:
还是去下载一个ADT4的详细教程自己照着做一遍就好了。
配体可以用chemdraw画好,用chem3D转换成你需要的格式，如pdb、mol2等。再用进行处理。
关于下载的蛋白，你可以用sybyl删去里面的配体和其中一个单体。再进 ...

教程里并没有介绍如何把二聚体蛋白解聚成一个蛋白。我要做的结合区不在二聚体的界面。还有我没有SYBYL软件如何做？
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10楼2008-02-28 20:26:27
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