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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » phonopy BORN file
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pinwei2014

铜虫 (初入文坛)

[求助] phonopy BORN file 已有2人参与

请问这个BORN file 要怎么写？这个校正可以校正什么？
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1楼 2014-03-13 13:46:15
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kwanqsh

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-04-13 12:26:04
This is the content of BORN:
14.400
7.234  0.00  0.00   0.00  7.234  0.00   0.00  0.00  7.234
7.50625  0.0 0.0    0.0 7.50663  0.0     0.0 0.0 7.50630
2.75558  0.0 0.0    0.0 2.75579  0.0     0.0 0.0 2.75560
-2.17866  0.0 0.0    0.0 -2.17886 0.0     0.0 0.0 -5.90230
-2.17866  0.0 0.0    0.0 -5.90230 0.0     0.0 0.0 -2.17863
-5.90211  0.0 0.0    0.0 -2.17886 0.0     0.0 0.0 -2.17863
The first line is the unit conversion factor. For vasp,it is 27.2116*0.52918=14.399834488
第二排就是才OUTCAR里的MACROSCOPIC STATIC DIELECTRIC TENSOR （including tensor。。。
后面是BORN EFFECTIVE CHARGE
。。。
请问您知道这个文件要怎么用吗 我试了好几次算分裂的都不对
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2楼2014-03-29 11:24:46
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刘仕晨

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-04-13 12:26:40
手册里面有写，这个文件都写的很清楚，不过如果实在不清楚，告诉你一个简单的方法，phonopy的作者已经写好了获取这个文件的脚步，你直接运行就可以，不知道你安装在哪里，如果已经加入环境变量，直接敲入outcar-born命令就可以，或者去你的安装目录找。
主要用于修正LO-TO spliting。
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3楼2014-03-29 18:35:08
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kwanqsh

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2014-03-29 18:35:08
手册里面有写，这个文件都写的很清楚，不过如果实在不清楚，告诉你一个简单的方法，phonopy的作者已经写好了获取这个文件的脚步，你直接运行就可以，不知道你安装在哪里，如果已经加入环境变量，直接敲入outcar-bor ...

请问 有了这个文件和band以后 是直接phonopy --nac运行吗 我这样运行出来的没有分裂
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4楼2014-03-30 15:16:18
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刘仕晨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by kwanqsh at 2014-03-30 15:16:18
请问 有了这个文件和band以后 是直接phonopy --nac运行吗 我这样运行出来的没有分裂...

命令是phonopy -p --nac band.conf，除非你不是极性晶体，不然如果计算都正确的话，应该没有问题的
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5楼2014-03-30 18:19:04
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伤心春草

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2014-03-29 18:35:08
手册里面有写，这个文件都写的很清楚，不过如果实在不清楚，告诉你一个简单的方法，phonopy的作者已经写好了获取这个文件的脚步，你直接运行就可以，不知道你安装在哪里，如果已经加入环境变量，直接敲入outcar-bor ...

感觉outcar-born文件是不太合适的，会报错
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/outcar-born", line 105, in <module>
    symmetrize_tensors=options.symmetrize_tensors)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/phonopy/interface/vasp.py", line 219, in get_born_OUTCAR
    for x in outcar.readline().split()][1:])
ValueError: could not convert string to float: Berry
手动写了一个born文件搞定了，可是这样太麻烦，有改进的方法么？
好像vasp.py中born有效电荷查找的位置不太对，
查到了Berry附近去了。。
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且喜且忧，且歌且行
6楼2014-04-11 14:14:09
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伤心春草

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by kwanqsh at 2014-03-30 15:16:18
请问 有了这个文件和band以后 是直接phonopy --nac运行吗 我这样运行出来的没有分裂...

请问你的outcar-born能够正常运行么？我的会出楼上的错误。。。
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且喜且忧，且歌且行
7楼2014-04-11 15:21:51
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刘仕晨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 伤心春草 at 2014-04-11 15:21:51
请问你的outcar-born能够正常运行么？我的会出楼上的错误。。。...

我之前也是手写的，后来才发现这个脚本的，没有问题，可以正常获取
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8楼2014-04-11 17:27:24
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kwanqsh

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 伤心春草 at 2014-04-11 15:21:51
请问你的outcar-born能够正常运行么？我的会出楼上的错误。。。...

我是手动写的 这个outcar-born出现和你的错误一样。。。
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9楼2014-04-13 20:31:35
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刘仕晨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 伤心春草 at 2014-04-11 15:21:51
请问你的outcar-born能够正常运行么？我的会出楼上的错误。。。...

是不是vasp版本的问题啊，你们用的是那个版本的vasp啊，我之前获取正常只有在5.2.2时候用过，5.2.12和5.3都没有测试过。
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10楼2014-04-14 00:41:01
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