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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 关于454高通量测序中Singleton的去除问题？
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xiaoqiao_mao

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于454高通量测序中Singleton的去除问题？ 已有1人参与

最近手里有一批上一个师姐遗留下来的ITS的454数据，要写出文章，过程中对于singleton的去除问题有疑问，是说总的比如是OTU10在5个样品中只有一条read将其去除，还是说OTU6中在第3个样品中只有一条read,这个也算singleton？有些迷茫。希望有做过的人可以指点一二。谢谢。
关于454高通量测序中Singleton的去除问题？
eg.png

[ Last edited by xiaoqiao_mao on 2014-3-11 at 20:32 ]
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1楼 2014-03-11 20:24:17
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xiaoqiao_mao

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by muji9908 at 2014-03-12 07:11:59
是在所有样品中只出现过一次的otu去除。所以只有otu2和otu10,OTU6和9不是

谢谢，还有一个问题，我看文献有的还要将低于5-10条reads的OTU也去掉，是否需要这么做，因为样品的测序深度很不均一，所怕剔除后对于整体有影响。
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3楼2014-03-12 09:03:59
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muji9908

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoqiao_mao: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-12 09:02:00
是在所有样品中只出现过一次的otu去除。所以只有otu2和otu10,OTU6和9不是
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2楼2014-03-12 07:11:59
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muji9908

铁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
dllchina: 金币+5, 谢谢热心应助 2014-03-14 13:21:53
如果深度不一的话可以考虑subsampling到最读数的样本的读数。
比如说3个样品，序列数目为100,150,170. subsampling到100，这样一些不可靠的序列会被拿掉
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4楼2014-03-14 06:26:27
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