24小时热门版块排行榜    

查看: 1913  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xiaoqiao_mao

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于454高通量测序中Singleton的去除问题? 已有1人参与

最近手里有一批上一个师姐遗留下来的ITS的454数据,要写出文章,过程中对于singleton的去除问题有疑问,是说总的比如是OTU10在5个样品中只有一条read将其去除,还是说OTU6中在第3个样品中只有一条read,这个也算singleton?有些迷茫。希望有做过的人可以指点一二。谢谢。
关于454高通量测序中Singleton的去除问题?
eg.png

[ Last edited by xiaoqiao_mao on 2014-3-11 at 20:32 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

微生物生物地理学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoqiao_mao

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by muji9908 at 2014-03-12 07:11:59
是在所有样品中只出现过一次的otu去除。所以只有otu2和otu10,OTU6和9不是

谢谢,还有一个问题,我看文献有的还要将低于5-10条reads的OTU也去掉,是否需要这么做,因为样品的测序深度很不均一,所怕剔除后对于整体有影响。
3楼2014-03-12 09:03:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

muji9908

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaoqiao_mao: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-12 09:02:00
是在所有样品中只出现过一次的otu去除。所以只有otu2和otu10,OTU6和9不是
2楼2014-03-12 07:11:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muji9908

铁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
dllchina: 金币+5, 谢谢热心应助 2014-03-14 13:21:53
如果深度不一的话可以考虑subsampling到最读数的样本的读数。
比如说3个样品,序列数目为100,150,170. subsampling到100,这样一些不可靠的序列会被拿掉
4楼2014-03-14 06:26:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854电子信息求调剂 +3 α____ 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:28 by zhq0425
[考研] 263求调剂 +4 yqdszhdap- 2026-03-22 4/200 2026-03-22 21:20 by 1144970272
[考研] 305分求调剂(食品工程) +4 Sxy112 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:26 by 无懈可击111
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[基金申请] 山东省面上项目限额评审 +4 石瑞0426 2026-03-19 4/200 2026-03-22 08:50 by Wei_ren
[考研] 一志愿华中科技大学071000,求调剂 +4 沿岸有贝壳6 2026-03-21 4/200 2026-03-22 07:21 by ilovexiaobin
[考研] 广西大学材料导师推荐 +3 夏夏夏小正 2026-03-17 5/250 2026-03-21 22:20 by 金昊ML
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 299求调剂 +4 某某某某位 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:30 by barlinike
[考研] 材料与化工(0856)304求 B区 调剂 +3 邱gl 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:47 by lature00
[考研] 求调剂 +3 Ma_xt 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:05 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 3/150 2026-03-20 23:24 by JourneyLucky
[考研] 295材料求调剂,一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
信息提示
请填处理意见