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xiaoqiao_mao

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于454高通量测序中Singleton的去除问题? 已有1人参与

最近手里有一批上一个师姐遗留下来的ITS的454数据,要写出文章,过程中对于singleton的去除问题有疑问,是说总的比如是OTU10在5个样品中只有一条read将其去除,还是说OTU6中在第3个样品中只有一条read,这个也算singleton?有些迷茫。希望有做过的人可以指点一二。谢谢。
关于454高通量测序中Singleton的去除问题?
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[ Last edited by xiaoqiao_mao on 2014-3-11 at 20:32 ]
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xiaoqiao_mao

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by muji9908 at 2014-03-12 07:11:59
是在所有样品中只出现过一次的otu去除。所以只有otu2和otu10,OTU6和9不是

谢谢,还有一个问题,我看文献有的还要将低于5-10条reads的OTU也去掉,是否需要这么做,因为样品的测序深度很不均一,所怕剔除后对于整体有影响。
3楼2014-03-12 09:03:59
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muji9908

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaoqiao_mao: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-12 09:02:00
是在所有样品中只出现过一次的otu去除。所以只有otu2和otu10,OTU6和9不是
2楼2014-03-12 07:11:59
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muji9908

铁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
dllchina: 金币+5, 谢谢热心应助 2014-03-14 13:21:53
如果深度不一的话可以考虑subsampling到最读数的样本的读数。
比如说3个样品,序列数目为100,150,170. subsampling到100,这样一些不可靠的序列会被拿掉
4楼2014-03-14 06:26:27
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