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licunyu

铁虫 (初入文坛)

[求助] 双酶切 已有3人参与

最近在做双酶切(TAKARA家的Xba1/Xho1   共用Buffer为10XM),想重新构建真核表达载体(目的片段210bp+载体)
1、双酶切(20μl体系,1-3小时都试过),只能切开Xho1位点(与分步酶切对照过)
2、分步双酶切,第一步酶切,不管先切哪个位点,跑胶检测都能切开,但是到第二步酶切结束,想切胶回收的时候,却怎么也跑不出条带来了,只是模糊的一片,像拖带一样,我的DNA去哪儿了?愁死了,求高手指点迷津,感激不尽啊,跪谢!!!

注:关于分步酶切胶回收损失的问题,我特意在第一步酶切结束后,尝试过三种方法 a、切胶回收(测得浓度为60ng左右)  b、不跑胶,直接在原体系里进行第二步酶切  c、不跑胶,直接过柱回收(切胶回收试剂盒,不是专业的DNA分离柱)
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licunyu

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-03-09 21:34:20
的确很奇怪,你第二步酶切加酶量少些,酶切时间控制在30min之内,跑胶再看看有没有目的带。你把你第一次酶切回收的DNA再跑跑看,看看回收后有没有问题。

启发很大,我意识到可能是星活性的问题,本来这个Xho1酶切割效率就高,我之前一直担心切不开而加大了酶量延长了时间,钻进了牛角尖,现在我就在第二步做几个时间梯度试试。非常感谢您!
6楼2014-03-10 08:32:13
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lihe131

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
licunyu: 金币+1 2014-03-09 16:43:22
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-03-31 18:30:59
不了解你具体的实验过程,但是XbaI是有甲基化位点的,你考虑一下看看有没有中招吧。
祝你成功。
2楼2014-03-09 16:08:26
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licunyu

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lihe131 at 2014-03-09 16:08:26
不了解你具体的实验过程,但是XbaI是有甲基化位点的,你考虑一下看看有没有中招吧。
祝你成功。

是的,我也看到过关于甲基化的问题,但是我在每一次酶切以后,取小量跑胶,跟原始质粒对比,很明显是切开了。依然感谢您!
3楼2014-03-09 16:46:09
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-03-10 08:27:51
licunyu: 金币+6, ★★★很有帮助 2014-03-10 08:33:08
的确很奇怪,你第二步酶切加酶量少些,酶切时间控制在30min之内,跑胶再看看有没有目的带。你把你第一次酶切回收的DNA再跑跑看,看看回收后有没有问题。
hehe
4楼2014-03-09 21:34:20
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