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【求助】如何用gaussian优化带电分子的构型
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王闯
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专业: 能源化工
[交流]
【求助】如何用gaussian优化带电分子的构型
想用gaussian98优化一个分子中带有一个碳正离子的有机分子,不知道该怎么建立输入坐标,该使用什么关键字,自旋多重度是多少。
尝试用chem3D建立的分子,电荷总是分布在整个分子中,无法建立电荷在某个原子上的分子,不知道该如何处理。
初来论坛,请高人指点。多谢。
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1楼
2008-02-03 12:12:00
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王闯
新虫
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虫号: 498163
注册: 2008-02-03
性别: GG
专业: 能源化工
谢谢三楼的回复。
如果就是要考虑分子中某个原子带电时候的情况怎么办呢,比如酸碱催化时分子上某原子失去一个氢氧根负离子,使得该原子带正电,但是由于电荷被整个分子所分布,使得优化结构中,有时候非失氢氧根原子反而正电性更强,失氢氧根的原子甚至带负电荷,尽管整个分子构型可能是能量最低的,但是没办法由此结构继续讨论本应由该带电原子引起的后续反应了,比如该带电原子对其邻位原子的影响等。
此外,有时候想要通过scan的方法,把一个质子而不是氢原子从其所在的碳原子上拉开,该怎么完成呢。是不是用分子力学的方法在gaussian中也可以实现呢,还请指点,谢谢。
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4楼
2008-02-03 18:09:47
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xalixp
银虫
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虫号: 497884
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专业: 企业理论
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2楼
2008-02-03 16:21:30
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coolrainbow
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注册: 2006-04-07
性别: GG
专业: 理论和计算化学
★ ★
zzgyb(金币
+2
,VIP
+0
):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
在量子化学中,没有电荷在哪个原子上的概念,只有整体的电贺和自旋多重度。只要在标题行中写入正确的电贺和自旋多重度即可。
输出文件的atom charge是用算出来得波函数用特定的方法得的
如果使用分子力学的方法,在gaussian手册中有指定特定原子电荷的命令,可以查一下
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技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼
2008-02-03 17:26:11
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sickboy
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虫号: 426669
注册: 2007-07-28
专业: 催化化学
这个属于过渡态找寻吧,尚在研究中应该
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5楼
2008-02-04 08:36:18
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