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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】如何用gaussian优化带电分子的构型
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王闯

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】如何用gaussian优化带电分子的构型

想用gaussian98优化一个分子中带有一个碳正离子的有机分子，不知道该怎么建立输入坐标，该使用什么关键字，自旋多重度是多少。
尝试用chem3D建立的分子，电荷总是分布在整个分子中，无法建立电荷在某个原子上的分子，不知道该如何处理。
初来论坛，请高人指点。多谢。
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1楼 2008-02-03 12:12:00
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xalixp

银虫 (小有名气)
我也想知道这个问题
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2楼2008-02-03 16:21:30
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
在量子化学中，没有电荷在哪个原子上的概念，只有整体的电贺和自旋多重度。只要在标题行中写入正确的电贺和自旋多重度即可。

输出文件的atom charge是用算出来得波函数用特定的方法得的

如果使用分子力学的方法，在gaussian手册中有指定特定原子电荷的命令，可以查一下
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2008-02-03 17:26:11
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王闯

新虫 (初入文坛)
谢谢三楼的回复。
如果就是要考虑分子中某个原子带电时候的情况怎么办呢，比如酸碱催化时分子上某原子失去一个氢氧根负离子，使得该原子带正电，但是由于电荷被整个分子所分布，使得优化结构中，有时候非失氢氧根原子反而正电性更强，失氢氧根的原子甚至带负电荷，尽管整个分子构型可能是能量最低的，但是没办法由此结构继续讨论本应由该带电原子引起的后续反应了，比如该带电原子对其邻位原子的影响等。
此外，有时候想要通过scan的方法，把一个质子而不是氢原子从其所在的碳原子上拉开，该怎么完成呢。是不是用分子力学的方法在gaussian中也可以实现呢，还请指点，谢谢。
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4楼2008-02-03 18:09:47
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sickboy

银虫 (初入文坛)
这个属于过渡态找寻吧，尚在研究中应该
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5楼2008-02-04 08:36:18
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miaochangqing

可以计算一下NBO分析，看看电荷是哪个原子失去了。在分析下一步怎么做
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6楼2008-02-04 13:46:29
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