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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 我的4株菌分属于两个门，想把它们放在一个发育树中，可是试了几个外源都不合适
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cjzpx

金虫 (小有名气)

[求助] 我的4株菌分属于两个门，想把它们放在一个发育树中，可是试了几个外源都不合适 已有1人参与

我的4株菌分属于两个门，我想把它们放在一个发育树中，可是试了七八个第三种门的外源都不合适，请问我应该怎么办啊，两个门是厚壁菌门和拟杆菌门，请问我应该找哪个门的外源才能让这个树有根啊
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阳光love生活
1楼 2014-03-05 21:01:17
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cjzpx: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-07 14:40:02
拿古菌当外群呗。。。。。还有你可以多调点该门的数据，让树形稳定。
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2楼2014-03-05 22:13:05
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cjzpx

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-05 22:13:05
拿古菌当外群呗。。。。。还有你可以多调点该门的数据，让树形稳定。

是古细菌吗？
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阳光love生活
3楼2014-03-06 09:02:14
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神
引用回帖:
3楼: Originally posted by cjzpx at 2014-03-06 09:02:14
是古细菌吗？...

恩，古细菌~
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4楼2014-03-06 09:24:30
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cjzpx

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-06 09:24:30
恩，古细菌~

谢谢啦，树做出来了，老师很满意结构，可是我又遇到一个问题，就是我不会用MAGE分析我的菌跟和它聚在一起的菌的相似性，大侠能不能指教啊，急 啊
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阳光love生活
5楼2014-03-07 14:39:20
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神
引用回帖:
5楼: Originally posted by cjzpx at 2014-03-07 14:39:20
谢谢啦，树做出来了，老师很满意结构，可是我又遇到一个问题，就是我不会用MAGE分析我的菌跟和它聚在一起的菌的相似性，大侠能不能指教啊，急 啊...

这个简单啊，mega里面可以调出来进化距离的，我用MEGA5，在最上面第四个view下拉有 show/hide ,branch lengths打勾即可~~~~，然后你自己算距离（各个分支数值相加），0.2就是相似性98%啦，或者bioedit也可以分析啊。
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6楼2014-03-07 15:22:42
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cjzpx

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-07 15:22:42
这个简单啊，mega里面可以调出来进化距离的，我用MEGA5，在最上面第四个view下拉有 show/hide ,branch lengths打勾即可~~~~，然后你自己算距离（各个分支数值相加），0.2就是相似性98%啦，或者bioedit也可以分析啊 ...

我想知道的是我的菌和跟和它聚在一起相似度最高的菌的相似度，我按你说的做了， 可是还是不太明白怎么加，我把树发给你，你给计算一下呗，太感谢了
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阳光love生活
7楼2014-03-08 17:13:31
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cjzpx

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-07 15:22:42
这个简单啊，mega里面可以调出来进化距离的，我用MEGA5，在最上面第四个view下拉有 show/hide ,branch lengths打勾即可~~~~，然后你自己算距离（各个分支数值相加），0.2就是相似性98%啦，或者bioedit也可以分析啊 ...

你的邮箱能告诉我吗？我发到你邮箱里
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阳光love生活
8楼2014-03-08 17:15:10
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神
哦了，口口发给你，刚不小心把号打出来了。。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2014-03-08 18:12:42
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