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cjzpx

金虫 (小有名气)

[求助] 我的4株菌分属于两个门,想把它们放在一个发育树中,可是试了几个外源都不合适 已有1人参与

我的4株菌分属于两个门,我想把它们放在一个发育树中,可是试了七八个第三种门的外源都不合适,请问我应该怎么办啊,两个门是厚壁菌门和拟杆菌门,请问我应该找哪个门的外源才能让这个树有根啊
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阳光love生活
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cjzpx: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-07 14:40:02
拿古菌当外群呗。。。。。还有你可以多调点该门的数据,让树形稳定。
2楼2014-03-05 22:13:05
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cjzpx

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-05 22:13:05
拿古菌当外群呗。。。。。还有你可以多调点该门的数据,让树形稳定。

是古细菌吗?
阳光love生活
3楼2014-03-06 09:02:14
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

引用回帖:
3楼: Originally posted by cjzpx at 2014-03-06 09:02:14
是古细菌吗?...

恩,古细菌~
4楼2014-03-06 09:24:30
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cjzpx

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-06 09:24:30
恩,古细菌~

谢谢啦,树做出来了,老师很满意结构,可是我又遇到一个问题,就是我不会用MAGE分析我的菌跟和它聚在一起的菌的相似性,大侠能不能指教啊,急 啊
阳光love生活
5楼2014-03-07 14:39:20
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

引用回帖:
5楼: Originally posted by cjzpx at 2014-03-07 14:39:20
谢谢啦,树做出来了,老师很满意结构,可是我又遇到一个问题,就是我不会用MAGE分析我的菌跟和它聚在一起的菌的相似性,大侠能不能指教啊,急 啊...

这个简单啊,mega里面可以调出来进化距离的,我用MEGA5,在最上面第四个view下拉有 show/hide ,branch lengths打勾即可~~~~,然后你自己算距离(各个分支数值相加),0.2就是相似性98%啦,或者bioedit也可以分析啊。
6楼2014-03-07 15:22:42
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cjzpx

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-07 15:22:42
这个简单啊,mega里面可以调出来进化距离的,我用MEGA5,在最上面第四个view下拉有 show/hide ,branch lengths打勾即可~~~~,然后你自己算距离(各个分支数值相加),0.2就是相似性98%啦,或者bioedit也可以分析啊 ...

我想知道的是我的菌和跟和它聚在一起相似度最高的菌的相似度,我按你说的做了, 可是还是不太明白怎么加,我把树发给你,你给计算一下呗,太感谢了
阳光love生活
7楼2014-03-08 17:13:31
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cjzpx

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-07 15:22:42
这个简单啊,mega里面可以调出来进化距离的,我用MEGA5,在最上面第四个view下拉有 show/hide ,branch lengths打勾即可~~~~,然后你自己算距离(各个分支数值相加),0.2就是相似性98%啦,或者bioedit也可以分析啊 ...

你的邮箱能告诉我吗?我发到你邮箱里
阳光love生活
8楼2014-03-08 17:15:10
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

哦了,口口发给你,刚不小心把号打出来了。。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
9楼2014-03-08 18:12:42
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