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xufund至尊木虫 (知名作家)
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[交流]
[交流与讨论]autodock从安装到使用
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最近需要学习autodock,所以开始接触这方面的东西.面临的问题很多,希望大家能在一起讨论和解决. 首先是安装的问题.先是在redhat as5和Ubuntu7.10下安装,问了好多网友,还是装不上.在redhat as5下老提示make没有对象,双击ADT老是没什么反应(后来发现得关闭SSH);在ubuntu7.10下也是提示make缺少文件.另一个最大的问题是在Linux系统下没有找到一个很好的画分子结构和优化的软件,而且这类软件在安装时也非常吃力.无奈在Windows下安装.目前看似乎安装成功.但还不会用,希望用高手能一步步给出一个具体DOCK的实例,让我们这些新手一步步跟着练习,慢慢熟悉起来. 我先把我在Windows下安装步骤给大家分享,希望能起到抛砖引玉的作用.有不正确的地方请大家批评指正.谢谢! 1.准备 下载ADT,Autodock程序(Windows版,我下的ADT1.5,Autodock4),还要下载Cygwin和Python(我下的是2.5版) 2.安装Cygwin和Python 首先安装Cygwin和Python.Cygwin和Python都是双击安装程序图标,一路选默认配置就行.注意Cygwin的安装是从网络安装,需要多试几个连接地址. 3.安装ADT和Autodock ADT非常好安装,双击图标自动就开始了.Autodock4的安装我绕了一个圈子.先按照官方安装说明进行,但在进入Autodock4压缩文件(TAR)所在目录时出现问题.我是按照官方说明把该文件放在桌面上的,但CD怎么也找不到该文件.没办法,我只有在LINUX系统下把该文件解压,然后把解压出的autodock4.exe和autogrid4.exe两个文件再拷到Windows系统中c:/cygwin/usr/local/bin目录下.(我也不知道这样对否). 下面如何使用我就抓瞎了.看了autodock官方的"Using Autodock4 with Autodocktools: a tutorial"反而更糊涂了.希望高手能参与讨论,并最好给出一个详细的例子.多谢! |
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7楼2008-02-05 12:14:51
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weishenme
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zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的回答，欢迎继续关注计算模拟办
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我一直在RHEL4下使用，都能正常使用。 autodock我下载的编译好的，没有自己安装，adt安装好像很简单，我大概也不是从源码编译安装的，时间长了，记不清。 跟着网站上提供的tutotial应该就能学会啊，先准备配体和受体，用autogrid生成map，然后autodock。有问题多看看FAQ吧，我觉得一般的问题它都回答了。 这里还有一个tutorial，http://rcmd-server.frm.uniroma1.it，但愿对你有帮助，你可以两个一起看，我觉得你看不懂autodock的tutotial可能是大的方向没有把握好，这个里面正好有张流程图。 Linux下输入结构我也没找到很好的免费软件，目前用pymol或vmd，没有windows下方便，不过也还行。优化不知道你是要半经验还是从头，gaussian03盗版的很好搞，mopac2007学术用户可以申请免费使用，我用mopac。 要是图方便，建议你用sybyl7.3，装好就什么都有了，里面的surflex比autodock还快得多，就是有版权问题，呵呵。反正我是不指望老板出钱买的。 [ Last edited by weishenme on 2008-2-2 at 17:06 ] |
3楼2008-02-02 16:41:13
xufund
至尊木虫 (知名作家)
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我按照你提供的tutotial练了一遍.在最后dock时出现下面错误: /home/Administrator/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "lt64_lock.maps.fld" 我是按照说明一步步来的,检查1t64.dpf文件,可以看到 map lt64_lock.A.map # atom-specific affinity map map lt64_lock.C.map # atom-specific affinity map map lt64_lock.HD.map # atom-specific affinity map map lt64_lock.N.map # atom-specific affinity map map lt64_lock.OA.map # atom-specific affinity map 但在/home/Administrator/autodock4目录下,却没有这些文件.请问如何解决?谢谢! 我是用Cygwin和Python2.5在Windows 下安装的. |
4楼2008-02-03 19:22:30
