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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [交流与讨论]autodock从安装到使用
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xufund

至尊木虫 (知名作家)

[交流] [交流与讨论]autodock从安装到使用

最近需要学习autodock,所以开始接触这方面的东西.面临的问题很多,希望大家能在一起讨论和解决.
首先是安装的问题.先是在redhat as5和Ubuntu7.10下安装,问了好多网友,还是装不上.在redhat as5下老提示make没有对象,双击ADT老是没什么反应(后来发现得关闭SSH);在ubuntu7.10下也是提示make缺少文件.另一个最大的问题是在Linux系统下没有找到一个很好的画分子结构和优化的软件,而且这类软件在安装时也非常吃力.无奈在Windows下安装.目前看似乎安装成功.但还不会用,希望用高手能一步步给出一个具体DOCK的实例,让我们这些新手一步步跟着练习,慢慢熟悉起来.
我先把我在Windows下安装步骤给大家分享,希望能起到抛砖引玉的作用.有不正确的地方请大家批评指正.谢谢!
1.准备
  下载ADT,Autodock程序(Windows版,我下的ADT1.5,Autodock4),还要下载Cygwin和Python(我下的是2.5版)
2.安装Cygwin和Python
  首先安装Cygwin和Python.Cygwin和Python都是双击安装程序图标,一路选默认配置就行.注意Cygwin的安装是从网络安装,需要多试几个连接地址.
3.安装ADT和Autodock
  ADT非常好安装,双击图标自动就开始了.Autodock4的安装我绕了一个圈子.先按照官方安装说明进行,但在进入Autodock4压缩文件(TAR)所在目录时出现问题.我是按照官方说明把该文件放在桌面上的,但CD怎么也找不到该文件.没办法,我只有在LINUX系统下把该文件解压,然后把解压出的autodock4.exe和autogrid4.exe两个文件再拷到Windows系统中c:/cygwin/usr/local/bin目录下.(我也不知道这样对否).
下面如何使用我就抓瞎了.看了autodock官方的"Using Autodock4 with Autodocktools: a tutorial"反而更糊涂了.希望高手能参与讨论,并最好给出一个详细的例子.多谢!
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1楼2008-02-01 11:24:35
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alicew

铜虫 (正式写手)
按说明一步一步来
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2楼2008-02-01 21:50:42
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weishenme

金虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的回答，欢迎继续关注计算模拟办
我一直在RHEL4下使用，都能正常使用。
autodock我下载的编译好的，没有自己安装，adt安装好像很简单，我大概也不是从源码编译安装的，时间长了，记不清。
跟着网站上提供的tutotial应该就能学会啊，先准备配体和受体，用autogrid生成map，然后autodock。有问题多看看FAQ吧，我觉得一般的问题它都回答了。
这里还有一个tutorial，http://rcmd-server.frm.uniroma1.it，但愿对你有帮助，你可以两个一起看，我觉得你看不懂autodock的tutotial可能是大的方向没有把握好，这个里面正好有张流程图。
Linux下输入结构我也没找到很好的免费软件，目前用pymol或vmd，没有windows下方便，不过也还行。优化不知道你是要半经验还是从头，gaussian03盗版的很好搞，mopac2007学术用户可以申请免费使用，我用mopac。
要是图方便，建议你用sybyl7.3，装好就什么都有了，里面的surflex比autodock还快得多，就是有版权问题，呵呵。反正我是不指望老板出钱买的。

[ Last edited by weishenme on 2008-2-2 at 17:06 ]
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3楼2008-02-02 16:41:13
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by weishenme at 2008-2-2 16:41:
我一直在RHEL4下使用，都能正常使用。
autodock我下载的编译好的，没有自己安装，adt安装好像很简单，我大概也不是从源码编译安装的，时间长了，记不清。
跟着网站上提供的tutotial应该就能学会啊，先准备配体和 ...

我按照你提供的tutotial练了一遍.在最后dock时出现下面错误:
/home/Administrator/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "lt64_lock.maps.fld"
我是按照说明一步步来的,检查1t64.dpf文件,可以看到
map lt64_lock.A.map                  # atom-specific affinity map
map lt64_lock.C.map                  # atom-specific affinity map
map lt64_lock.HD.map                 # atom-specific affinity map
map lt64_lock.N.map                  # atom-specific affinity map
map lt64_lock.OA.map                 # atom-specific affinity map
但在/home/Administrator/autodock4目录下,却没有这些文件.请问如何解决?谢谢!
我是用Cygwin和Python2.5在Windows 下安装的.
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4楼2008-02-03 19:22:30
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weishenme

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xufund at 2008-2-3 19:22:


我按照你提供的tutotial练了一遍.在最后dock时出现下面错误:
/home/Administrator/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "lt64_lock.maps.fld"
我是按照说明一步步来的,检查1t64.dpf文件, ...

没有这些文件应该是你autogrid没有运行成功，不知你有没有看到成功完成的提示。我没在windows下用过，在linux下生成gpf文件后，我都是直接在终端下运行autogrid，在adt里运行好像要指明绝对路径。
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5楼2008-02-03 20:15:39
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
autogrid运行成功有什么标志吗?我一开始运行老是报错(找不到文件).后来我选择了正确路径后,就没有报错信息了.也没有其他显示.只是在ADT最下面一栏显示DONE.
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6楼2008-02-03 21:08:18
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shinykers

金虫 (小有名气)

偷偷儿
还是linux下的好用啊，windows下只是界面好些，但是对于这种没有界面的软件安装就是大问题了
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I am the Best!
7楼2008-02-05 12:14:51
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):再奖励2个
我的安装方法(基本成功):
1.准备
  下载ADT,Autodock程序(Windows版,我下的ADT1.5,Autodock4),还要下载Cygwin和Python(我下的是2.5版)
2.安装Cygwin和Python
  首先安装Cygwin和Python.Cygwin和Python都是双击安装程序图标,一路选默认配置就行.注意Cygwin的安装是从网络安装,需要多试几个连接地址.安装完后启动它,输入:whoami,回车(我的显示Administrator).关闭它.在c:\cygwin目录下就会出现hmoe\Administrator目录.
3.安装ADT和Autodock
  ADT非常好安装,双击图标自动就开始了.Autodock4的安装文件是tar压缩格式,可以下载7-ZIP软件进行解压缩.然后把autodock4.exe和autogrid4.exe两个文件复制到前面得到的hmoe\Administrator目录就可以了.
4.安装chimera
   到weishenme兄提供的tutorial连接地址下载免费的chimera(windows版)并安装.   

   按照上面的方法安装后,我采用weishenme兄提供的tutorial练习了一下,这次很顺利就进行了grid操作(提醒大家注意的是必须把通过chimera准备好的两个pdbqt文件放到ADT默认的文件夹中(你可以在ADT中尝试OPEN一个文件,就可以知道它默认的文件夹是哪一个了.我的是c:\Documents and Settings\Administrator)还有就是在GRID时,一定要选好autogrid4.exe的路径.
   目前遇到的问题是在进行autodock时,最后设置Docking Parameters时按照tutorial说明选择好后,点击accept,提示如下bug:
Python 2.5.1 (r251:54863, Apr 18 2007, 08:51:08) [MSC v.1310 32 bit (Intel)] on win32
Type "copyright", "credits" or "license()" for more information.

    ****************************************************************
    Personal firewall software may warn about the connection IDLE
    makes to its subprocess using this computer's internal loopback
    interface.  This connection is not visible on any external
    interface and no data is sent to or received from the Internet.
    ****************************************************************
   
IDLE 1.2.1      ==== No Subprocess ====
>>>  
fugu2 0
lt64_lock [ lt64_lock with 1 MolKit.protein.Chain] lt64_lock False
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python25\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__
    return self.func(*args)
  File "C:\Program Files\MGLTools 1.5.0\MGLToolsPckgs\AutoDockTools\autodpfCommands.py", line 3861, in Accept_cb
    val = int(var.get())
  File "C:\Python25\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 286, in get
    return getint(self._tk.globalgetvar(self._name))
ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''
Please include this Traceback in your bug report. Help --> Report a Bug.
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python25\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__
    return self.func(*args)
  File "C:\Program Files\MGLTools 1.5.0\MGLToolsPckgs\AutoDockTools\autodpfCommands.py", line 3861, in Accept_cb
    val = int(var.get())
  File "C:\Python25\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 286, in get
    return getint(self._tk.globalgetvar(self._name))
ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''
Please include this Traceback in your bug report. Help --> Report a Bug.

  但是好象并不影响继续进行dock.我试着做了一下dock,还是能运行起来.但是目前还没有结果出来,不知是否行得通.
   另外还有个问题,就是如果PDB里下载的复合物晶体结构是个二聚体,是否需要变成单聚?如何操作?
   希望高手能解答一下.谢谢!
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8楼2008-02-06 00:14:20
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xd200620940

铜虫 (正式写手)

感慨啊

踩着众大虾的脚印，终于把autodock给装上了，谢谢各位了。
PS：各位大虾们都在做分子对接，能不能建个群方便小弟请教啊
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9楼2008-04-08 21:25:20
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no12king

木虫 (初入文坛)

感谢

谢谢分享这么好用的东西，但有很多，像ADT在哪下载，LZ有没相关的软件，能发给下我不？万分感谢～～～
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10楼2008-05-06 17:28:09
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