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至尊木虫 (知名作家)

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[交流] [交流与讨论]autodock从安装到使用

最近需要学习autodock,所以开始接触这方面的东西.面临的问题很多,希望大家能在一起讨论和解决.
首先是安装的问题.先是在redhat as5和Ubuntu7.10下安装,问了好多网友,还是装不上.在redhat as5下老提示make没有对象,双击ADT老是没什么反应(后来发现得关闭SSH);在ubuntu7.10下也是提示make缺少文件.另一个最大的问题是在Linux系统下没有找到一个很好的画分子结构和优化的软件,而且这类软件在安装时也非常吃力.无奈在Windows下安装.目前看似乎安装成功.但还不会用,希望用高手能一步步给出一个具体DOCK的实例,让我们这些新手一步步跟着练习,慢慢熟悉起来.
我先把我在Windows下安装步骤给大家分享,希望能起到抛砖引玉的作用.有不正确的地方请大家批评指正.谢谢!
1.准备
  下载ADT,Autodock程序(Windows版,我下的ADT1.5,Autodock4),还要下载Cygwin和Python(我下的是2.5版)
2.安装Cygwin和Python
  首先安装Cygwin和Python.Cygwin和Python都是双击安装程序图标,一路选默认配置就行.注意Cygwin的安装是从网络安装,需要多试几个连接地址.
3.安装ADT和Autodock
  ADT非常好安装,双击图标自动就开始了.Autodock4的安装我绕了一个圈子.先按照官方安装说明进行,但在进入Autodock4压缩文件(TAR)所在目录时出现问题.我是按照官方说明把该文件放在桌面上的,但CD怎么也找不到该文件.没办法,我只有在LINUX系统下把该文件解压,然后把解压出的autodock4.exe和autogrid4.exe两个文件再拷到Windows系统中c:/cygwin/usr/local/bin目录下.(我也不知道这样对否).
下面如何使用我就抓瞎了.看了autodock官方的"Using Autodock4 with Autodocktools: a tutorial"反而更糊涂了.希望高手能参与讨论,并最好给出一个详细的例子.多谢!

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