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故事是这样的

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 125
帖子: 90
在线: 74.1小时
虫号: 2533243
注册: 2013-07-05

[求助] MS初学者遇到几个问题，求大神帮助已有1人参与

1，如何在分子筛骨架中的随机位置上插入N个分子，并且还不与分子筛粒子重叠
2，进行MD模拟设定过程中，如何设定在“指定的温度下使所有原子的速度
服从Boltzmann分布，并且使体系的总动量为零，再采用Nose—Hoover
热浴法调整体系的温度”？
3，如何设定立方周期性，或者X，Y方向周期性？
4，加入动力学模拟步长为1纳秒，如何设定前400PS为热力学平衡，后600PS为数据收集？
我使用的是MS5.5.。。。。。。。。。。恳求哪位大神赐教，

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1楼 2014-03-01 11:07:12

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
故事是这样的: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-01 13:21:28
故事是这样的: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-03 20:07:03

1.估计AC模块可用；
2.参见Discover或者forcire的MD帮助文档，比如Discover的MD模拟中，初始速度为波尔兹曼分布；
3.MS构建的模型通常已满足周期性边界条件；
4.在运行MS之前，先跑400ps，设置只需保存最终结构；再接着跑600ps，设置一定采样频率。

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