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故事是这样的

新虫 (小有名气)

[求助] MS初学者遇到几个问题,求大神帮助 已有1人参与

1,如何在分子筛骨架中的随机位置上插入N个分子,并且还不与分子筛粒子重叠
2,进行MD模拟设定过程中,如何设定在“指定的温度下使所有原子的速度
服从Boltzmann分布,并且使体系的总动量为零,再采用Nose—Hoover
热浴法调整体系的温度”?
3,如何设定立方周期性,或者X,Y方向周期性?
4,加入动力学模拟步长为1纳秒,如何设定前400PS为热力学平衡,后600PS为数据收集?
我使用的是MS5.5.。。。。。。。。。。恳求哪位大神赐教,
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
故事是这样的: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-01 13:21:28
故事是这样的: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-03 20:07:03
1.估计AC模块可用;
2.参见Discover或者forcire的MD帮助文档,比如Discover的MD模拟中,初始速度为波尔兹曼分布;
3.MS构建的模型通常已满足周期性边界条件;
4.在运行MS之前,先跑400ps,设置只需保存最终结构;再接着跑600ps,设置一定采样频率。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-03-01 11:18:35
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